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13581286695铜虫 (小有名气)
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Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？ 已有4人参与
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| Autodock分子对接时，第一步，蛋白准备，蛋白里是否有配体？是否需要提前取出来？新手，求大神指导 啊？ |
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3楼2014-05-27 20:18:04
【答案】应助回帖
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| 有的蛋白质晶体结构是有小分子配体的，有的是没有的。对于已知的蛋白的活性位点寻找，一些文献中可能会有介绍，告诉你那些氨基酸残基是活性作用的关键氨基酸。最好的应该是蛋白中有小分子配体，它所占据的腔一般就是活性位点腔，我们通常都是这样处理的，但是也不敢保证你的分子就一定是结合在这个腔内。分子对接嘛，其实就是一种手段而已，目前而言存在的缺陷还是很多的，比如对接的精度准确度等等，因为生物大分子实在是很复杂，生物体就更加复杂了。但是有时候分子对接可以用来解释一些化合物的活性结果等。总之，虽然问题很多，但是也可以作为辅助手段作为参考，聊胜于无~我也是新手，个人理解。 |
5楼2014-05-28 09:39:04
