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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？
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13581286695

铜虫 (小有名气)

[求助] Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？已有4人参与

Autodock分子对接时，第一步，蛋白准备，蛋白里是否有配体？是否需要提前取出来？新手，求大神指导 啊？
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天道酬勤
1楼2014-05-27 17:23:15
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13581286695

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2014-05-28 09:22:06
1.在处理蛋白的时候就可以直接把配体删除
2.配体在蛋白中的位置，就是活性口袋...

打盒子的时候，对接位置离着蛋白有很远的距离？请问问题出在哪儿了呢？能否手动调整到活性位置，保存下来？谢谢
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天道酬勤
6楼2014-05-28 12:06:16
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:09:41
直接把配体删除，然后对接你自己的配体！
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2楼2014-05-27 19:28:02
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13581286695

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-05-27 19:28:02
直接把配体删除，然后对接你自己的配体！

（1）配体删除的时候，在蛋白处理过程中就可删除是吗？
（2）删除以后怎么找准确活性口袋呢
第一天研究这个，谢谢
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天道酬勤
3楼2014-05-27 20:18:04
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ldjing

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:09:51
有的蛋白质晶体结构是有小分子配体的，有的是没有的。对于已知的蛋白的活性位点寻找，一些文献中可能会有介绍，告诉你那些氨基酸残基是活性作用的关键氨基酸。最好的应该是蛋白中有小分子配体，它所占据的腔一般就是活性位点腔，我们通常都是这样处理的，但是也不敢保证你的分子就一定是结合在这个腔内。分子对接嘛，其实就是一种手段而已，目前而言存在的缺陷还是很多的，比如对接的精度准确度等等，因为生物大分子实在是很复杂，生物体就更加复杂了。但是有时候分子对接可以用来解释一些化合物的活性结果等。总之，虽然问题很多，但是也可以作为辅助手段作为参考，聊胜于无~我也是新手，个人理解。
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5楼2014-05-28 09:39:04
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