应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？
51/1返回列表
查看: 4582  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

13581286695

铜虫 (小有名气)

[求助] Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？ 已有4人参与

Autodock分子对接时，第一步，蛋白准备，蛋白里是否有配体？是否需要提前取出来？新手，求大神指导 啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
天道酬勤
1楼 2014-05-27 17:23:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13581286695

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 水儿CoCo at 2014-05-28 14:55:52
你在设定盒子的时候要调整好啊，只要调整好盒子的位置大小就好了，反正配体对接之后是在盒子里面的...

FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "3ZXZ_N_ligand.maps.fld"这是哪儿处理的不对呢，谢谢呀。刚学Autodock。
赞一下 回复此楼
天道酬勤
8楼2014-05-28 15:48:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:09:41
直接把配体删除，然后对接你自己的配体！
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-05-27 19:28:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

13581286695

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-05-27 19:28:02
直接把配体删除，然后对接你自己的配体！

（1）配体删除的时候，在蛋白处理过程中就可删除是吗？
（2）删除以后怎么找准确活性口袋呢
第一天研究这个，谢谢
赞一下 回复此楼
天道酬勤
3楼2014-05-27 20:18:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ldjing

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 20:09:51
有的蛋白质晶体结构是有小分子配体的，有的是没有的。对于已知的蛋白的活性位点寻找，一些文献中可能会有介绍，告诉你那些氨基酸残基是活性作用的关键氨基酸。最好的应该是蛋白中有小分子配体，它所占据的腔一般就是活性位点腔，我们通常都是这样处理的，但是也不敢保证你的分子就一定是结合在这个腔内。分子对接嘛，其实就是一种手段而已，目前而言存在的缺陷还是很多的，比如对接的精度准确度等等，因为生物大分子实在是很复杂，生物体就更加复杂了。但是有时候分子对接可以用来解释一些化合物的活性结果等。总之，虽然问题很多，但是也可以作为辅助手段作为参考，聊胜于无~我也是新手，个人理解。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2014-05-28 09:39:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 01:31 by l48hFd8Nwae2
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 01:24 by l48hFd8Nwae2
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 01:24 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 8/400 2026-11-06 16:34 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 14/700 2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:23 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 15/750 2026-11-06 13:49 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 10/500 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 kvewwGtKktqB 2026-11-04 11/550 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭