24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

louisjackson

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 891.1
红花: 18
帖子: 165
在线: 55.6小时
虫号: 3169803
注册: 2014-04-28
性别: GG
专业: 胎儿发育与产前诊断

[求助] 全长引物一直P不出目的条带来，请大神看一下我的引物设计有没有问题？谢啦！已有5人参与

我的模板是逆转录的cDNA，然后P出全长序列后准备连接载体，但是跑出来的条带不是目的条带，不知是不是我的引物设计有问题。
基因信息：Homo sapiens msh homeobox 2 (MSX2), mRNA
NCBI Reference Sequence: NM_002449.4
CDS          89..892
Sample Text
Primer pair 1
Sequence (5'->3')                               Length    Tm          GC% Self complementarity    Self 3' complementarity
Forward primer ATGGCTTCTCCGTCCAAAGG 20 60.04 55.00       3.00                                        1.00
Reverse primer TTAGGACAGGTGGTACATGCC 21 59.44 52.38       4.00                                        3.00
Products on target templates
Sample Text
>NM_002449.4 Homo sapiens msh homeobox 2 (MSX2), mRNA
product length = 804
Forward primer  1 ATGGCTTCTCCGTCCAAAGG  20
Template       89  ....................  108
Reverse primer  1 TTAGGACAGGTGGTACATGCC  21
Template       892  .....................  872
这是我跑出来的条带的位置，完全不是我想要的目的条带的位置。请各位大神帮我分析一下原因，谢谢啦！

JAR GAPDH AND MSX2 FULL-LENGH 2014-05-08 15hr 24min_副本.jpg

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

沙漏

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

目的条带P不出来！已经有5人回复
最近做pcr,内参出来了，目的片段却一直出不来，只有引物二聚体已经有14人回复
全长cDNA PCR问题已经有4人回复
关于设计克隆引物时产物片段大小有限制吗，如果我没有全长要怎么做能克隆到它的全长已经有14人回复
请问一下要是一对引物做普通PCR的目的条带都很淡已经有18人回复
PCR引物设计问题，求教大神~ 已经有11人回复
已经得到目的基因的全长，现在要PCR将目的基因全长P出来，如何设计引物？谢谢已经有12人回复
PCR引物GC含量过低时候，如何调整PCR体系？已经有6人回复
荧光定量PCR设计了三对引物了，都扩增不出来，郁闷啊已经有4人回复
PCR不出目的条带的原因已经有12人回复
引物加保护碱基已经有7人回复
请帮我看一下我设计的简并引物已经有30人回复
要P一段基因全长，已知CDS，怎么设计引物啊？已经有10人回复
利用Primer 5设计引物问题已经有6人回复
PCR引物设计的问题已经有8人回复
1500bp全长的序列，设计引物时一般期望产物长度为多长呢？已经有4人回复
PCR一直扩不出目的条带已经有10人回复
【求助/交流】引物设计公司已经有8人回复
【求助/交流】设计的简并引物扩不出目的条带，求助已经有18人回复
【求助/交流】设计的引物在NCBI blast中比对居然没有我的目的片段已经有5人回复
【求助/交流】怎样设计目的基因的引物已经有8人回复
【求助/交流】设计全长的引物已经有5人回复
克隆基因全长引物设计问题已经有32人回复
引物设计时总是发生严重错配怎么办？敬请大家指点！已经有3人回复

It'snotaboutskill,butaboutwill.

1楼 2014-05-12 14:30:47

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

louisjackson

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 891.1
红花: 18
帖子: 165
在线: 55.6小时
虫号: 3169803
注册: 2014-04-28
性别: GG
专业: 胎儿发育与产前诊断

引用回帖:

5楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-05-12 16:55:19
先不管中间的点突变，LZ你基因测序出来有多大？blast出来467个匹配，你P出的基因前端后端是不是有一部分和已知序列不一样？
这是你引物自身互补的图
上游：

下游：

你的引物可能还得再设计一下，至少不要 ...

我想请教一下，您的全长引物是如何设计的？我是用的在线设计软件，用前面一段序列设计一对引物，采用其上游引物；用后面一段序列设计一对引物，采用其下游引物。最后再将这上下游引物作为一对引物送去合成，然后我设计出来的引物就刚好踩着起始子和终止子的，请问这种方法有没有问题呢？如果不行，可不可以传授一种设计全长引物的方法呢？谢谢！