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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
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厚德求是

木虫 (著名写手)

[求助] 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？已有4人参与

求助！
现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。
因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。
我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。
现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。
所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助
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1楼2014-03-26 20:24:44
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

generalel

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:42:25
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-03-28 20:42:33
现在蛋白质结构预测，除了同源建模(同源性>30%)，还包括穿线法（Threading)(同源性%20-30%)和从头预测（ab initio)(<150个aa).序列相似度30-50%，结构准确度>80%。预测错误主要集中在环状区域。
序列相似度20-30%，结构准确度55%左右。网站
http://www.expasy.org/tools，自己看看吧。当然还有NAMD法，根据能量最小而完全计算机建模。
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厚德求是
6楼2014-03-27 16:55:33
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woolley

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢你的解答 2014-03-28 11:27:24
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:43:03
看了一下你的描述
建议你还是使用swiss model进行同源建模
建模后蛋白质一级序列缺失是比较正常的，只要同模板无法align的区域，又位于蛋白质末端的话，都有可能无法出现在模板区域
至于氨基酸排列出问题，倒是没有见过，如果你的DS设置正确的话，你还是换Swiss model来建模吧，用swiss model是不会导致氨基酸排列出问题的

此外，根据你说的实验设计思路，你其实不一定非要进行同源建模。建模本来就是预测，你还要突变了之后根据建模的结果再进行预测，这样实际上意义已经不大了。
单纯选择非保守残基的话，可以通过序列比对。你的蛋白是酶蛋白，还可以通过文献确定其反应机理(发挥作用的几个关键氨基酸类型，比如酸性、碱性啦)，避开保守位点的这些残基。

而且，也可以通过在N端添加特定序列提高酶蛋白的耐热。

最后，如果你这个酶蛋白有耐热的同工酶的话，做个序列比对是最有意义的。
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10楼2014-03-28 09:07:29
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普通回帖

smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-26 21:33:28
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厚德求是

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-26 21:33:28
如果没有数据库里的结构数据，有2条路：
1、你自己测结构
2、同源建模
另外，序列的相似性低不一定代表预测的结构就不合理

那请问我要怎么样才能最近测结构？有什么方法？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-03-27 16:11:59
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厚德求是

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-26 21:33:28
如果没有数据库里的结构数据，有2条路：
1、你自己测结构
2、同源建模
另外，序列的相似性低不一定代表预测的结构就不合理

刚刚没说清楚，我的意思是：同源建模以外还有哪种方法可以用来预测蛋白质结构的？您能推荐一个方法和参考书籍吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-03-27 16:16:56
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smutao

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2014-03-27 16:41:55
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:42:54
从头计算的话对蛋白来说是不太可能的事，运算量太大，你可以考虑穿针引线和多模板比对这两种办法试试看
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
7楼2014-03-27 20:02:28
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厚德求是

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
6楼: Originally posted by generalel at 2014-03-27 16:55:33
现在蛋白质结构预测，除了同源建模(同源性>30%)，还包括穿线法（Threading)(同源性%20-30%)和从头预测（ab initio)(<150个aa).序列相似度30-50%，结构准确度>80%。预测错误主要集中在环状区域。
序列相似 ...

蛋白质序列是250+，从头建模是不行了，我想学穿线法，请问我要用什么软件，看什么资料呢？如果您知道请务必告诉我一下，先说谢谢。

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8楼2014-03-27 23:37:29
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厚德求是

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by monsoncupid at 2014-03-27 20:02:28
从头计算的话对蛋白来说是不太可能的事，运算量太大，你可以考虑穿针引线和多模板比对这两种办法试试看

只是穿线法完全没有头绪，不知道怎么弄，身边也没有师兄师姐会的，我要自己学的话完全不知道上哪学呀！

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-03-27 23:42:59
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