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厚德求是木虫 (著名写手)
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求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？ 已有4人参与
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求助！ 现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。 因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。 我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。 现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。 所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助  |
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现在蛋白质结构预测，除了同源建模(同源性>30%)，还包括穿线法（Threading)(同源性%20-30%)和从头预测（ab initio)(<150个aa).序列相似度30-50%，结构准确度>80%。预测错误主要集中在环状区域。 序列相似度20-30%，结构准确度55%左右。网站 http://www.expasy.org/tools，自己看看吧。当然还有NAMD法，根据能量最小而完全计算机建模。 |
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厚德求是6楼2014-03-27 16:55:33
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看了一下你的描述 建议你还是使用swiss model进行同源建模 建模后蛋白质一级序列缺失是比较正常的，只要同模板无法align的区域，又位于蛋白质末端的话，都有可能无法出现在模板区域 至于氨基酸排列出问题，倒是没有见过，如果你的DS设置正确的话，你还是换Swiss model来建模吧，用swiss model是不会导致氨基酸排列出问题的 此外，根据你说的实验设计思路，你其实不一定非要进行同源建模。建模本来就是预测，你还要突变了之后根据建模的结果再进行预测，这样实际上意义已经不大了。 单纯选择非保守残基的话，可以通过序列比对。你的蛋白是酶蛋白，还可以通过文献确定其反应机理(发挥作用的几个关键氨基酸类型，比如酸性、碱性啦)，避开保守位点的这些残基。 而且，也可以通过在N端添加特定序列提高酶蛋白的耐热。 最后，如果你这个酶蛋白有耐热的同工酶的话，做个序列比对是最有意义的。 |
10楼2014-03-28 09:07:29
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2楼2014-03-26 21:33:28
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5楼2014-03-27 16:41:55
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8楼2014-03-27 23:37:29
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