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generalel

金虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
厚德求是: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的解答！ 2014-03-28 11:27:46

引用回帖:

9楼: Originally posted by 厚德求是 at 2014-03-27 23:42:59
只是穿线法完全没有头绪，不知道怎么弄，身边也没有师兄师姐会的，我要自己学的话完全不知道上哪学呀！
...

网址我已经给你了，穿线法包括几种不同的方法，如phyre,fugue,psipred等。当然和10楼说的一样，你如果通过建模比较结构与功能差异，而序列同源性又比较低，实际上说服力是不够的。当然做一个初步的探索还是绰绰有余，最好结构有什么重要的变化，继而导致功能的变化，这也需要结合前人的研究报道。比如说发现BBLH，coils等构象变化（这两种构象已经被证明与许多重要的功能相关）。这样的话，有前人研究的佐证，结合一些创新点，发文章还是有戏的。PS：最后预测得到的蛋白质构象最好利用RASMOL或pymol等软件把你得到的结构优化一下，这两种软件功能还是很强大的，甚至可以模拟SNP引起的蛋白质构象的变化。

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11楼2014-03-28 10:36:04

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厚德求是

木虫 (著名写手)

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引用回帖:

10楼: Originally posted by woolley at 2014-03-28 09:07:29
看了一下你的描述
建议你还是使用swiss model进行同源建模
建模后蛋白质一级序列缺失是比较正常的，只要同模板无法align的区域，又位于蛋白质末端的话，都有可能无法出现在模板区域
至于氨基酸排列出问题，倒是没 ...

对，我的蛋白质是酶，反应机理也是有报道过，我现在就想通过建立模型，避开这些个影响催化活性的位点，进行定点突变，利用计算机模拟突变，找到能提高酶刚性的突变位点和突变后氨基酸。
你说的耐热同工酶很有启发性，谢谢！

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12楼2014-03-28 11:46:54

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wbingxin2012

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★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-24 17:59:15

可以试一下SYBYL里边的同源模建功能，考虑了家族特异性低于３０％也可以做同源模建

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13楼2014-04-23 10:50:45

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