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generalel

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
厚德求是: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的解答! 2014-03-28 11:27:46
引用回帖:
9楼: Originally posted by 厚德求是 at 2014-03-27 23:42:59
只是穿线法完全没有头绪,不知道怎么弄,身边也没有师兄师姐会的,我要自己学的话完全不知道上哪学呀!
...

网址我已经给你了,穿线法包括几种不同的方法,如phyre,fugue,psipred等。当然和10楼说的一样,你如果通过建模比较结构与功能差异,而序列同源性又比较低,实际上说服力是不够的。当然做一个初步的探索还是绰绰有余,最好结构有什么重要的变化,继而导致功能的变化,这也需要结合前人的研究报道。比如说发现BBLH,coils等构象变化(这两种构象已经被证明与许多重要的功能相关)。这样的话,有前人研究的佐证,结合一些创新点,发文章还是有戏的。PS:最后预测得到的蛋白质构象最好利用RASMOL或pymol等软件把你得到的结构优化一下,这两种软件功能还是很强大的,甚至可以模拟SNP引起的蛋白质构象的变化。
11楼2014-03-28 10:36:04
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厚德求是

木虫 (著名写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by woolley at 2014-03-28 09:07:29
看了一下你的描述
建议你还是使用swiss model进行同源建模
建模后蛋白质一级序列缺失是比较正常的,只要同模板无法align的区域,又位于蛋白质末端的话,都有可能无法出现在模板区域
至于氨基酸排列出问题,倒是没 ...

对,我的蛋白质是酶,反应机理也是有报道过,我现在就想通过建立模型,避开这些个影响催化活性的位点,进行定点突变,利用计算机模拟突变,找到能提高酶刚性的突变位点和突变后氨基酸。
你说的耐热同工酶很有启发性,谢谢!
12楼2014-03-28 11:46:54
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wbingxin2012

银虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-24 17:59:15
可以试一下SYBYL里边的同源模建功能,考虑了家族特异性低于30%也可以做同源模建
13楼2014-04-23 10:50:45
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