| 查看: 4188 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
厚德求是木虫 (著名写手)
Ph. D. Prof.
|
[求助]
求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？ 已有4人参与
|
|
|
求助！ 现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。 因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。 我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。 现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。 所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助  |
回复此楼» 猜你喜欢
求调剂推荐
已经有3人回复
-
085400电子信息类（川大控制工程）求调剂可跨专业 求老师联系
已经有6人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有42人回复
-
290调剂生物0860
已经有36人回复
-
273求调剂
已经有6人回复
-
药学305求调剂
已经有6人回复
-
求调剂学校
已经有12人回复
-
山东省基金2026
已经有8人回复
-
求助调剂，跨调
已经有19人回复
-
求调剂
已经有13人回复
厚德求是
木虫 (著名写手)
Ph. D. Prof.
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 2140.6
- 散金: 1060
- 红花: 3
- 帖子: 1210
- 在线: 108.2小时
- 虫号: 2418606
- 注册: 2013-04-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
12楼2014-03-28 11:46:54
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-03-26 21:33:28
厚德求是
木虫 (著名写手)
Ph. D. Prof.
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 2140.6
- 散金: 1060
- 红花: 3
- 帖子: 1210
- 在线: 108.2小时
- 虫号: 2418606
- 注册: 2013-04-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2014-03-27 16:11:59
厚德求是
木虫 (著名写手)
Ph. D. Prof.
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 2140.6
- 散金: 1060
- 红花: 3
- 帖子: 1210
- 在线: 108.2小时
- 虫号: 2418606
- 注册: 2013-04-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2014-03-27 16:16:56
20