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厚德求是

金虫 (著名写手)

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[求助] 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？已有4人参与

求助！
现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。
因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。
我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。
现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。
所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助

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1楼 2014-03-26 20:24:44

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引用回帖:

10楼: Originally posted by woolley at 2014-03-28 09:07:29
看了一下你的描述
建议你还是使用swiss model进行同源建模
建模后蛋白质一级序列缺失是比较正常的，只要同模板无法align的区域，又位于蛋白质末端的话，都有可能无法出现在模板区域
至于氨基酸排列出问题，倒是没 ...

对，我的蛋白质是酶，反应机理也是有报道过，我现在就想通过建立模型，避开这些个影响催化活性的位点，进行定点突变，利用计算机模拟突变，找到能提高酶刚性的突变位点和突变后氨基酸。
你说的耐热同工酶很有启发性，谢谢！