| 查看: 4112 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
厚德求是木虫 (著名写手)
|
[求助]
求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？ 已有4人参与
|
|
|
求助！ 现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。 因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。 我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。 现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。 所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助  |
回复此楼» 猜你喜欢
0854可跨调剂，一作一项核心论文五项专利，省、国级证书40+数一英一287
已经有5人回复
-
070300化学319求调剂
已经有6人回复
-
一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂
已经有6人回复
-
一志愿西南交大，求调剂
已经有3人回复
-
286求调剂
已经有6人回复
-
焦虑
已经有11人回复
-
331求调剂（0703有机化学
已经有7人回复
-
298-一志愿中国农业大学-求调剂
已经有5人回复
-
297求调剂
已经有5人回复
-
302求调剂
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助有关蛋白同源性问题
已经有3人回复
- 蛋白质同源模建求助！
已经有6人回复
- 同源建模时怎样计算一致性和相似性
已经有4人回复
- swiss-model 模建
已经有4人回复
- 同源建模之----分别建模
已经有7人回复
- 请问，两条不同来源的DNA序列，相似度达到多少时，才可以判定为同源？
已经有8人回复
- 同源建模需要准备哪些资料
已经有5人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟
已经有11人回复
- 蛋白质高级结构预测
已经有8人回复
- 请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
已经有3人回复
- 求助Discovery Studio 或其他蛋白质建模软件 软件
已经有7人回复
- 同源建模中Anolea是什么意思
已经有8人回复
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
已经有8人回复
- 求助蛋白质氨基酸序列信号肽、导肽用在线软件和ANTHEWIN预测后的数值该怎么进行判断？
已经有1人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助/交流】除了swiss-model还有别的预测基因蛋白三维结构的工具吗？
已经有8人回复
- 【求助】modeller同源建模结果选择
已经有10人回复
- 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
已经有11人回复
- 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
已经有87人回复
厚德求是
木虫 (著名写手)
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 2270.6
- 散金: 1050
- 红花: 3
- 帖子: 1208
- 在线: 107.8小时
- 虫号: 2418606
- 注册: 2013-04-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2014-03-27 16:11:59
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-03-26 21:33:28
厚德求是
木虫 (著名写手)
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 2270.6
- 散金: 1050
- 红花: 3
- 帖子: 1208
- 在线: 107.8小时
- 虫号: 2418606
- 注册: 2013-04-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2014-03-27 16:16:56
|
本帖内容被屏蔽 |
5楼2014-03-27 16:41:55
