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厚德求是

木虫 (著名写手)

应助: 41 (小学生)
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虫号: 2418606
注册: 2013-04-15
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

[求助] 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？已有4人参与

求助！
现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。
因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。
我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。
现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。
所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助

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1楼 2014-03-26 20:24:44

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

generalel

金虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
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性别: GG
专业: 植物学研究的新技术、新方

【答案】应助回帖

★ ★ ★
厚德求是: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的解答！ 2014-03-28 11:27:46

引用回帖:

9楼: Originally posted by 厚德求是 at 2014-03-27 23:42:59
只是穿线法完全没有头绪，不知道怎么弄，身边也没有师兄师姐会的，我要自己学的话完全不知道上哪学呀！
...

网址我已经给你了，穿线法包括几种不同的方法，如phyre,fugue,psipred等。当然和10楼说的一样，你如果通过建模比较结构与功能差异，而序列同源性又比较低，实际上说服力是不够的。当然做一个初步的探索还是绰绰有余，最好结构有什么重要的变化，继而导致功能的变化，这也需要结合前人的研究报道。比如说发现BBLH，coils等构象变化（这两种构象已经被证明与许多重要的功能相关）。这样的话，有前人研究的佐证，结合一些创新点，发文章还是有戏的。PS：最后预测得到的蛋白质构象最好利用RASMOL或pymol等软件把你得到的结构优化一下，这两种软件功能还是很强大的，甚至可以模拟SNP引起的蛋白质构象的变化。