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厚德求是木虫 (著名写手)
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[求助]
求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？ 已有4人参与
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求助！ 现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。 因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。 我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。 现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。 所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助  |
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【答案】应助回帖
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厚德求是: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的解答！ 2014-03-28 11:27:46
厚德求是: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢您的解答！ 2014-03-28 11:27:46
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网址我已经给你了，穿线法包括几种不同的方法，如phyre,fugue,psipred等。当然和10楼说的一样，你如果通过建模比较结构与功能差异，而序列同源性又比较低，实际上说服力是不够的。当然做一个初步的探索还是绰绰有余，最好结构有什么重要的变化，继而导致功能的变化，这也需要结合前人的研究报道。比如说发现BBLH，coils等构象变化（这两种构象已经被证明与许多重要的功能相关）。这样的话，有前人研究的佐证，结合一些创新点，发文章还是有戏的。PS：最后预测得到的蛋白质构象最好利用RASMOL或pymol等软件把你得到的结构优化一下，这两种软件功能还是很强大的，甚至可以模拟SNP引起的蛋白质构象的变化。 |
11楼2014-03-28 10:36:04
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感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
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2楼2014-03-26 21:33:28
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3楼2014-03-27 16:11:59
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4楼2014-03-27 16:16:56
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