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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
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厚德求是

木虫 (著名写手)

[求助] 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？ 已有4人参与

求助！
现在课题的主要目的是通过理性设计来提高酶蛋白的热稳定性，主要的方法是定点突变酶非保守序列上的氨基酸来增加氢键，盐桥（或者二硫键）等。
因为我的模板蛋白是没有已知三维结构的，所以需要用同源建模的方法来模拟出我的蛋白质三级结构，预测保守序列（活性中心）并避开它们在其他地方做突变，再利用计算机模拟突变的结果，选择能够突变的氨基酸，再进行试验验证。
我目前用来建模的软件是DS里面的同源建模板块，有文献报道过对我这个酶进行同源建模，用的是Swiss......我觉得这些人报道的不见得可信，因此我想自己建模看看。
现在的问题是，通过DS模板搜索版块得到的模板（30%相似性，但此模板和文献报道中用过的一样）和我的酶不是同工酶！用这个模板做的模型结果里面的蛋白质一级结构改变了，少了17个氨基酸，而且氨基酸排列顺序也变了！这样就没法做结构评价了！更不要说模拟突变其他位点了，而且模拟出来的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圆形，所以我猜用现在这样的方法是没法做出来了。
所以，我想要保证蛋白质一级结构不变，要用什么方法继续建模？求助
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1楼 2014-03-26 20:24:44
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wbingxin2012

银虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-24 17:59:15
可以试一下SYBYL里边的同源模建功能，考虑了家族特异性低于３０％也可以做同源模建
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13楼2014-04-23 10:50:45
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
厚德求是: 金币+4, ★★★很有帮助, 感谢您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-28 20:42:42
本帖内容被屏蔽
2楼2014-03-26 21:33:28
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厚德求是

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-26 21:33:28
如果没有数据库里的结构数据，有2条路：
1、你自己测结构
2、同源建模
另外，序列的相似性低不一定代表预测的结构就不合理

那请问我要怎么样才能最近测结构？有什么方法？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-03-27 16:11:59
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厚德求是

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-03-26 21:33:28
如果没有数据库里的结构数据，有2条路：
1、你自己测结构
2、同源建模
另外，序列的相似性低不一定代表预测的结构就不合理

刚刚没说清楚，我的意思是：同源建模以外还有哪种方法可以用来预测蛋白质结构的？您能推荐一个方法和参考书籍吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-03-27 16:16:56
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