24小时热门版块排行榜    

查看: 2151  |  回复: 17

姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] 把分子pdb文件修改后无法使用 已有5人参与

教程上说用word强制把pdb文件打开,删除所有以HETATM开头的项,可是删完之后,autodock就读不出来了,显示出错,求大神指点……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-28 18:19:42
你可以试试,直接把PDB文件导入VMD,再输出出来,那些HETATM开头的就没有了。
2楼2014-02-28 14:36:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)

内容已删除
3楼2014-02-28 19:23:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-01 10:42:16
每个pdb文件的最后面都要以“END”作为结束

[ 发自小木虫客户端 ]
你的夕阳,我的容颜,谁的三分之一年
4楼2014-03-01 08:44:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)

每个pdb文件的最后面都要以“END”作为结束

[ 发自小木虫客户端 ]
你的夕阳,我的容颜,谁的三分之一年
5楼2014-03-01 08:46:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tbw258

铜虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:23:12
HETATM  表示非标准基团的名称,它是一种多行多个标记,用于存储一些非标准基团的原子坐标。PDB文件中水分子就属于这一类基团
我来了~~
6楼2014-03-01 21:40:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ynqjmzq

金虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:23:25
为什么不直接用AutoDock读取pdb文件?
海纳百川,有容乃大
7楼2014-03-02 15:33:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by tbw258 at 2014-03-01 21:40:35
HETATM  表示非标准基团的名称,它是一种多行多个标记,用于存储一些非标准基团的原子坐标。PDB文件中水分子就属于这一类基团

是不是只删除后面带HOH的就可以了?

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-03-02 19:36:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-02 15:33:02
为什么不直接用AutoDock读取pdb文件?

主要是为了加极性氢

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2014-03-02 19:37:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

姜志文

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by tbw258 at 2014-03-01 21:40:35
HETATM  表示非标准基团的名称,它是一种多行多个标记,用于存储一些非标准基团的原子坐标。PDB文件中水分子就属于这一类基团

但是我没有数了一下,本身的分子就包涵3个氧,HETATM中也只有三个氧啊,这怎么办呢?
10楼2014-03-04 14:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 姜志文 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +36 医学老男孩 2026-08-13 85/4250 2026-08-17 21:23 by lcmdlut
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +5 angus9576 2026-08-17 9/450 2026-08-17 20:57 by ssxclkj
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +3 Tide man 2026-08-14 3/150 2026-08-16 17:47 by jurkat.1640
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友,我要去昆明玩几天,回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
请填处理意见