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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 把分子pdb文件修改后无法使用
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 百步穿杨999 at 2014-03-01 08:44:10
每个pdb文件的最后面都要以“END”作为结束

对的，我没有把end删掉，可就是打不开
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11楼2014-03-04 14:22:27
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佳州豪杰

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
表示看不懂大家在说什么

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12楼2014-03-04 14:45:05
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tbw258

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-05 18:15:59
引用回帖:
10楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-04 14:21:34
但是我没有数了一下，本身的分子就包涵3个氧，HETATM中也只有三个氧啊，这怎么办呢？...

我不知道你想干嘛      你是打算吧PDB格式换成其它格式吗？ 这个简单按个第3方软件 直接转换成你想要的格式就O了   一般使用WORD打开是查看用，除非你对PDB文件格式了如指掌 不然就别去修改。
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我来了~~
13楼2014-03-05 11:18:39
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by tbw258 at 2014-03-05 11:18:39
我不知道你想干嘛      你是打算吧PDB格式换成其它格式吗？ 这个简单按个第3方软件 直接转换成你想要的格式就O了   一般使用WORD打开是查看用，除非你对PDB文件格式了如指掌 不然就别去修改。...

不是，是因为我的pdb是用chem3d完成的，文件本身有水，做对接需要删掉并添加极性氢。

[ 发自小木虫客户端 ]
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14楼2014-03-05 23:47:13
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 搬到望江了吧。回复都是乱码是网络问题，还是输入问题？ 2014-03-09 10:13:55
月只蓝: 编辑内容 2014-03-09 10:14
引用回帖:
9楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-02 19:37:09
主要是为了加极性氢
...

[回复乱码，编辑by月只蓝]

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by 月只蓝 on 2014-3-9 at 10:14 ]
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海纳百川，有容乃大
15楼2014-03-08 12:36:28
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)
月只蓝: 编辑内容 2014-03-09 10:14
引用回帖:
14楼: Originally posted by 姜志文 at 2014-03-05 23:47:13
不是，是因为我的pdb是用chem3d完成的，文件本身有水，做对接需要删掉并添加极性氢。
...

[回复乱码]

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by 月只蓝 on 2014-3-9 at 10:14 ]
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海纳百川，有容乃大
16楼2014-03-08 12:38:14
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姜志文

新虫 (小有名气)
???????:
15?: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-08 12:36:28
AutoDock也???以加??性氢呀??
...

?䶮??????

[ ????С??????? ]
17楼2014-03-08 13:38:26
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姜志文

新虫 (小有名气)
???????:
16?: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-08 12:38:14
你想???的这些都???以在AutoDock里完??
...

?䶮????

[ ????С??????? ]
18楼2014-03-08 13:38:36
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