| 查看: 2411 | 回复: 8 | ||
fxpy631铜虫 (小有名气)
|
[求助]
关于pdb库使用问题
|
| 有的文献中首先合成纯化一种蛋白质，并用NMR确定了其结构，接着MD模拟，得到能量最低的构象，为什么PDB库中没有其结构呢 |
回复此楼» 猜你喜欢
0703化学调剂
已经有12人回复
-
0703化学 305求调剂
已经有4人回复
-
0703化学调剂，求各位老师收留
已经有10人回复
-
271材料工程求调剂
已经有5人回复
-
281求调剂（0805）
已经有16人回复
-
304求调剂
已经有6人回复
-
材料工程专硕调剂
已经有6人回复
-
一志愿天大材料与化工（085600）总分338
已经有4人回复
-
085700资源与环境308求调剂
已经有3人回复
-
求材料调剂
已经有8人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 想问一下在pdb数据库中2JTK代表什么含义？
已经有6人回复
- 请问如何获取小分子的pdb文件
已经有13人回复
- PDB蛋白数据库中的蛋白全吗？
已经有5人回复
- 请教关于NIST图库的版本问题
已经有15人回复
- 药物查询中数据库使用的问题
已经有4人回复
- 关于蛋白质的应用问题
已经有3人回复
- 谁有PDB或IMS数据库帮我搜下甘磷酸胆碱的相关信息？
已经有17人回复
- endnote数据库问题，请大家帮忙
已经有5人回复
- 关于wiley数据库下载文章的问题
已经有5人回复
- 如何从PDB数据库中选择合适的靶标
已经有13人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- 有关PDB数据库的使用问题
已经有11人回复
- 海量数据库高效搜索算法在分子模拟编程中的应用?
已经有3人回复
- 克隆文库相关问题
已经有4人回复
- 询问在PDB数据库查找蛋白质结构
已经有14人回复
- PDB数据库怎么样？？急！！！！！
已经有7人回复
- 关于噬菌体随机肽库的一些问题，急求~
已经有13人回复
- 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
已经有16人回复
- 【转帖】药品查询网的数据库
已经有77人回复
- 【求助】请教一下怎么把在PDB数据库上面下载的CIF格式的晶体结构导入MS中
已经有9人回复
- 【求助】一个关于Protel原理图所用元件的问题
已经有6人回复
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
2楼2013-10-17 17:34:31
fxpy631
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 134.5
- 散金: 10
- 帖子: 69
- 在线: 29.4小时
- 虫号: 1280651
- 注册: 2011-04-28
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2013-10-17 18:52:29
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
|
你可以这样来，先把初始构象用一个小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一个能量优化过的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我给你一个优化用的mdp文件代码，你把里面的参数改一下对应你的参数就行。你试一下行不行。 ; ; User spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /usr/bin/cpp ;define = -DFLEX_SPC constraints = none integrator = steep nsteps = 30000 ; ; Energy minimizing stuff ; emtol = 10 emstep = 0.01 nstcomm = 1 ns_type = grid rlist = 1.2 rcoulomb = 1.2 rvdw = 1.2 Tcoupl = no Pcoupl = no gen_vel = no nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstxtcout = 1000 nstlog = 1000 nstenergy = 1000 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
fxpy6314楼2013-10-17 21:28:12
fxpy631
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 134.5
- 散金: 10
- 帖子: 69
- 在线: 29.4小时
- 虫号: 1280651
- 注册: 2011-04-28
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
5楼2013-10-18 11:01:59
fangsteel
木虫 (正式写手)
- 应助: 96 (初中生)
- 金币: 1213.6
- 散金: 32
- 红花: 22
- 帖子: 456
- 在线: 192.1小时
- 虫号: 2248690
- 注册: 2013-01-18
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
6楼2013-10-18 15:32:36
fxpy631
铜虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 134.5
- 散金: 10
- 帖子: 69
- 在线: 29.4小时
- 虫号: 1280651
- 注册: 2011-04-28
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
7楼2013-10-18 18:28:49
yaozhq
金虫 (小有名气)
- 应助: 126 (高中生)
- 金币: 1137.8
- 红花: 7
- 帖子: 260
- 在线: 37.6小时
- 虫号: 1475454
- 注册: 2011-11-04
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
8楼2013-10-19 14:01:43
9楼2015-03-18 19:26:06
