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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 关于pdb库使用问题
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fxpy631

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于pdb库使用问题

有的文献中首先合成纯化一种蛋白质，并用NMR确定了其结构，接着MD模拟，得到能量最低的构象，为什么PDB库中没有其结构呢
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1楼 2013-10-17 17:20:56
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-17 18:52:29
对，文献上用的是gromacs...

你可以这样来，先把初始构象用一个小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一个能量优化过的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我给你一个优化用的mdp文件代码，你把里面的参数改一下对应你的参数就行。你试一下行不行。
;
;        User spoel (236)
;        Wed Nov  3 17:12:44 1993
;        Input file
;
cpp                 =  /usr/bin/cpp
;define              =  -DFLEX_SPC
constraints         =  none
integrator          =  steep
nsteps              =  30000
;
;        Energy minimizing stuff
;
emtol               =  10
emstep              =  0.01

nstcomm             =  1
ns_type             =  grid
rlist               =  1.2
rcoulomb            =  1.2
rvdw                =  1.2
Tcoupl              =  no
Pcoupl              =  no
gen_vel             =  no


nstxout             =  1000
nstvout             =  1000
nstfout             =  1000
nstxtcout           =  1000       
nstlog              =  1000
nstenergy           =  1000
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fxpy631
gromacs
4楼2013-10-17 21:28:12
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fxpy631

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 17:34:31
用的是gromacs？

对，文献上用的是gromacs
赞一下 回复此楼
3楼2013-10-17 18:52:29
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fxpy631

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2013-10-17 21:28:12
你可以这样来，先把初始构象用一个小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一个能量优化过的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我给你一个优化用的mdp文件代码，你把里面的参数改一下对应你的参数就行。你试一下行 ...

这个初始构象文件去哪找到呢，这是别人的文献，上面会有该文件吗？
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5楼2013-10-18 11:01:59
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by fxpy631 at 2013-10-18 11:01:59
这个初始构象文件去哪找到呢，这是别人的文献，上面会有该文件吗？...

文献中不会给出那么具体的东西的，你要是想尝试这个，你可能得自己试着去做一下，用MS或者高斯来做可能。
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gromacs
6楼2013-10-18 15:32:36
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