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fxpy631铜虫 (小有名气)
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[求助]
关于pdb库使用问题
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| 有的文献中首先合成纯化一种蛋白质，并用NMR确定了其结构，接着MD模拟，得到能量最低的构象，为什么PDB库中没有其结构呢 |
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5楼2013-10-18 11:01:59
fxpy631
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fangsteel
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你可以这样来，先把初始构象用一个小的能量最小化先跑一下，然后可以生成一个能量优化过的gro文件，也就是你需要的pdb文件，等下我给你一个优化用的mdp文件代码，你把里面的参数改一下对应你的参数就行。你试一下行不行。 ; ; User spoel (236) ; Wed Nov 3 17:12:44 1993 ; Input file ; cpp = /usr/bin/cpp ;define = -DFLEX_SPC constraints = none integrator = steep nsteps = 30000 ; ; Energy minimizing stuff ; emtol = 10 emstep = 0.01 nstcomm = 1 ns_type = grid rlist = 1.2 rcoulomb = 1.2 rvdw = 1.2 Tcoupl = no Pcoupl = no gen_vel = no nstxout = 1000 nstvout = 1000 nstfout = 1000 nstxtcout = 1000 nstlog = 1000 nstenergy = 1000 |
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4楼2013-10-17 21:28:12
fangsteel
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