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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 把分子pdb文件修改后无法使用
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姜志文

新虫 (小有名气)

[交流] 把分子pdb文件修改后无法使用 已有5人参与

教程上说用word强制把pdb文件打开，删除所有以HETATM开头的项，可是删完之后，autodock就读不出来了，显示出错，求大神指点……
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1楼 2014-02-28 13:39:47
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-28 18:19:42
你可以试试，直接把PDB文件导入VMD，再输出出来，那些HETATM开头的就没有了。
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2楼2014-02-28 14:36:43
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姜志文

新虫 (小有名气)
内容已删除
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3楼2014-02-28 19:23:45
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-01 10:42:16
每个pdb文件的最后面都要以“END”作为结束

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你的夕阳，我的容颜，谁的三分之一年
4楼2014-03-01 08:44:10
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百步穿杨999

至尊木虫 (著名写手)
每个pdb文件的最后面都要以“END”作为结束

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你的夕阳，我的容颜，谁的三分之一年
5楼2014-03-01 08:46:01
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tbw258

铜虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:23:12
HETATM  表示非标准基团的名称，它是一种多行多个标记，用于存储一些非标准基团的原子坐标。PDB文件中水分子就属于这一类基团
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我来了~~
6楼2014-03-01 21:40:35
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ynqjmzq

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:23:25
为什么不直接用AutoDock读取pdb文件？
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海纳百川，有容乃大
7楼2014-03-02 15:33:02
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tbw258 at 2014-03-01 21:40:35
HETATM  表示非标准基团的名称，它是一种多行多个标记，用于存储一些非标准基团的原子坐标。PDB文件中水分子就属于这一类基团

是不是只删除后面带HOH的就可以了？

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8楼2014-03-02 19:36:07
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by ynqjmzq at 2014-03-02 15:33:02
为什么不直接用AutoDock读取pdb文件？

主要是为了加极性氢

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9楼2014-03-02 19:37:09
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姜志文

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by tbw258 at 2014-03-01 21:40:35
HETATM  表示非标准基团的名称，它是一种多行多个标记，用于存储一些非标准基团的原子坐标。PDB文件中水分子就属于这一类基团

但是我没有数了一下，本身的分子就包涵3个氧，HETATM中也只有三个氧啊，这怎么办呢？
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10楼2014-03-04 14:21:34
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