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foxhuli

木虫 (正式写手)

[交流] 蛋白如何做质谱及分析

本人分子生物盲一名，近日想检验一个分子量为25KDa的蛋白，但是不知道该如何下手。听那个老师说分子量过大，要进行酶切，这一步如何做呢？我看文献用的胰蛋白酶啊。   如果质谱做出来，是否有什么分析软件课推荐呢？是应该用生物质谱还是用液质联用呢？
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1楼 2013-12-06 16:48:26
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fuyuandj86

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-12-07 14:10:06
你可以用LC-MS/MS用trypsin酶切
这个分子量也可以不用酶切, 直接做MALDI,
ESI理论上也能也能看到峰, 只是会带多电荷, 所以看到的大概会比较乱
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2楼2013-12-07 02:17:26
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jinwei331

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
…………………………
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3楼2013-12-07 06:12:55
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
PAGE电泳，染色，然后交给公司处理了。生工做质谱一个样品600元。
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5楼2013-12-07 12:52:58
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alicelchf

木虫 (著名写手)
一楼正解
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6楼2013-12-08 01:31:23
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duncan0319

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 01:36:59
传统的小分子质谱实验利用ESI做，原因是小分子质合比（m/z）是1.ESI也可以做蛋白 是因为蛋白的（m/z）大于1，所以也可以显峰
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7楼2013-12-08 13:55:59
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foxhuli

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-12-07 02:17:26
你可以用LC-MS/MS用trypsin酶切
这个分子量也可以不用酶切, 直接做MALDI,
ESI理论上也能也能看到峰, 只是会带多电荷, 所以看到的大概会比较乱

还想问一下，我的蛋白刚开始是用PBS溶的，2.5mg/kg，做质谱不能用磷酸盐，经过透析袋（没用过）透析去除磷酸盐，那么就应该剩下水了是吧？质谱不是要挥发性溶剂么？那怎么办啊？
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8楼2013-12-11 09:48:11
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fuyuandj86

版主 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:55:35
引用回帖:
8楼: Originally posted by foxhuli at 2013-12-11 09:48:11
还想问一下，我的蛋白刚开始是用PBS溶的，2.5mg/kg，做质谱不能用磷酸盐，经过透析袋（没用过）透析去除磷酸盐，那么就应该剩下水了是吧？质谱不是要挥发性溶剂么？那怎么办啊？...

直接做ESI的不知道, 做过几次, 不是自己处理的样品
做MALDI的话,我用ziptip处理除盐,然后就直接点matrix了
做LC-MS/MS, 最后反正要把trypsin降解后的多肽片断萃取到acetonitrile和formic acid的水溶液中,然后最后真空抽干
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shasha沙
9楼2013-12-11 10:05:36
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foxhuli

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-12-11 10:05:36
直接做ESI的不知道, 做过几次, 不是自己处理的样品
做MALDI的话,我用ziptip处理除盐,然后就直接点matrix了
做LC-MS/MS, 最后反正要把trypsin降解后的多肽片断萃取到acetonitrile和formic acid的水溶液中,然后最后 ...

是不是还要把trypsin去掉啊？你那个降解后的片段如何萃取呢？
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10楼2013-12-12 20:55:58
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shasha沙

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-12-11 10:05:36
直接做ESI的不知道, 做过几次, 不是自己处理的样品
做MALDI的话,我用ziptip处理除盐,然后就直接点matrix了
做LC-MS/MS, 最后反正要把trypsin降解后的多肽片断萃取到acetonitrile和formic acid的水溶液中,然后最后 ...

我想问一下，多肽片段怎么萃取到乙腈和甲酸的水溶液中？乙腈和甲酸都是溶于水的啊？
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11楼2014-01-04 20:21:00
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kaikura

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
11楼: Originally posted by shasha沙 at 2014-01-04 20:21:00
我想问一下，多肽片段怎么萃取到乙腈和甲酸的水溶液中？乙腈和甲酸都是溶于水的啊？...

跑胶，酶解，酶解后萃取
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12楼2014-01-06 17:48:26
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s1523466

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
12楼: Originally posted by kaikura at 2014-01-06 17:48:26
跑胶，酶解，酶解后萃取...

你好，我想问下，跑胶，酶解，跑胶后是回收胶之后把胶回收然后用胰蛋白酶水解后进质谱吗
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13楼2018-12-02 10:47:57
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简单回复
sjmr12214楼
2013-12-07 09:17   回复  
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