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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于LC-MS和MS/MS分析多肽氨基酸的问题
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

[求助] 关于LC-MS和MS/MS分析多肽氨基酸的问题

有两个蛋白酶把胰岛素A链和B链进行酶切，通过质谱来分析剪切位点。
想搞明白，质谱是如何分析这些剪切位点的。
求帮忙，谢了。

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1楼2012-09-22 10:29:32
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

氢化大雪

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

楼主的问题有点没看懂。按我的理解的话“质谱是如何分析这些剪切位点的。”质谱在做MS/MS分析的时候是可以把肽链打碎的，碎裂成为一些更小的肽片段，通过碎片m/z分析可以基本确定每个片段的氨基酸组成，然后进行碎片拼接可以得出肽段序列。不知道有没有表达清楚
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美酒香茗
5楼2012-09-25 12:07:19
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shygza

铜虫 (初入文坛)
★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与。你不能保证楼主用的酶在mascot的列表里吧。 2012-09-27 06:06:39
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhen_fang at 2012-09-26 10:10:11
我对质谱有点不是很明白。想问的问题的确是“质谱是如何分析这些剪切位点”。感谢你的回答，简单明了，谢谢...

如果您用了酶进行剪切后，质谱在进行分析时会依次将链上氨基酸打断，从而形成一系列碎片离子，其中包含了碎裂顺序信息。如果你这个蛋白质虽然未知，但是可以确定常见蛋白质数据库里存在，比如swissprot或者ncbi中有，那么可以通过mascot等软件帮助你进行匹配检索，从而得到可能的剪切位点，但是其中分析过程还是比较复杂的。如果蛋白质序列不确定是不是在已有数据库中存在，可以使用高精度质谱，比如Orbi-HCD等方法进行高精度的肽段序列de novo，这个也是在mascot里可以自动实现的，这样的话就能帮助你快速找到酶切位点和肽段序列了。当然前提是你实验能够尽可能的纯化你的蛋白以及采用的质谱精度足够高。
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zhen_fang
11楼2012-09-26 23:38:38
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dshlove

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
一般是用酶去消化后，将消化终止，将消化后的样品做LC-MS或者MS/MS，就会得到一系列的片段，再比对理论片段的大小，得出酶切的位点。
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2楼2012-09-24 09:30:03
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
假设你知道蛋白质的序列，
MS/MS可以用de veno的方法得到多肽序列，然后比对。
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3楼2012-09-25 07:27:28
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氢化大雪

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

楼主的问题有点没看懂。按我的理解的话“质谱是如何分析这些剪切位点的。”质谱在做MS/MS分析的时候是可以把肽链打碎的，碎裂成为一些更小的肽片段，通过碎片m/z分析可以基本确定每个片段的氨基酸组成，然后进行碎片拼接可以得出肽段序列。不知道有没有表达清楚
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美酒香茗
6楼2012-09-25 12:07:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhen_fang at 2012-09-26 10:13:06
是单独分开使用蛋白酶消化已知序列的多肽。

我想问的是问题是，怎么使用MS来分析这些被消化后的片段氨基酸，从而来确定剪切位点。

据我所知，可以通过数据库来分析，不知道是不是这样？

谢谢你的回答，好 ...

there are several search engines to do this job (MS/MS ion search)
Mascot
OMSSA
X!Tandem
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zhen_fang
10楼2012-09-26 16:17:47
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普通回帖

zhen_fang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2012-09-25 07:27:28
假设你知道蛋白质的序列，
MS/MS可以用de veno的方法得到多肽序列，然后比对。

问题是不知道蛋白序列
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4楼2012-09-25 11:08:26
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zhen_fang: 金币+5, ★★★很有帮助, 不错的小伙子 2012-09-26 10:13:24
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhen_fang at 2012-09-25 11:08:26
问题是不知道蛋白序列...

你的问题不清楚，2个蛋白酶是同时使用，还是分开使用？
不知道蛋白质序列，那只能从多肽序列来推导，多肽序列现在比较多的是从MS/MS中推导（b and y ions)。
但是如果你没有参考序列，根本不可能从多肽序列推导到蛋白质序列，比如我有2个多肽AAAA和LLLL，你不知道酶切位点，那可能是AAAALLLL也可能是LLLLAAAA。而一个蛋白质可以很大，比如1000个以上的氨基酸，太难了。
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7楼2012-09-25 17:27:05
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 氢化大雪 at 2012-09-25 12:07:19
楼主的问题有点没看懂。按我的理解的话“质谱是如何分析这些剪切位点的。”质谱在做MS/MS分析的时候是可以把肽链打碎的，碎裂成为一些更小的肽片段，通过碎片m/z分析可以基本确定每个片段的氨基酸组成，然后进行碎片 ...

我对质谱有点不是很明白。想问的问题的确是“质谱是如何分析这些剪切位点”。感谢你的回答，简单明了，谢谢
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8楼2012-09-26 10:10:11
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wizardfan at 2012-09-25 17:27:05
你的问题不清楚，2个蛋白酶是同时使用，还是分开使用？
不知道蛋白质序列，那只能从多肽序列来推导，多肽序列现在比较多的是从MS/MS中推导（b and y ions)。
但是如果你没有参考序列，根本不可能从多肽序列推导到 ...

是单独分开使用蛋白酶消化已知序列的多肽。

我想问的是问题是，怎么使用MS来分析这些被消化后的片段氨基酸，从而来确定剪切位点。

据我所知，可以通过数据库来分析，不知道是不是这样？

谢谢你的回答，好人一生平安，祝福。
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9楼2012-09-26 10:13:06
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