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zhen_fang

银虫 (正式写手)

应助: 9 (幼儿园)
金币: 1330.4
散金: 28
红花: 2
帖子: 447
在线: 70.3小时
虫号: 1361814
注册: 2011-08-05
性别: GG
专业: 微生物生理与生物化学

[求助] 关于LC-MS和MS/MS分析多肽氨基酸的问题

有两个蛋白酶把胰岛素A链和B链进行酶切，通过质谱来分析剪切位点。
想搞明白，质谱是如何分析这些剪切位点的。
求帮忙，谢了。

未命名.jpg

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1楼2012-09-22 10:29:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

shygza

铜虫 (初入文坛)

应助: 10 (幼儿园)
金币: 260.5
帖子: 32
在线: 28.4小时
虫号: 157813
注册: 2006-01-06
性别: GG
专业: 生物信息学

★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与。你不能保证楼主用的酶在mascot的列表里吧。 2012-09-27 06:06:39

引用回帖:

8楼: Originally posted by zhen_fang at 2012-09-26 10:10:11
我对质谱有点不是很明白。想问的问题的确是“质谱是如何分析这些剪切位点”。感谢你的回答，简单明了，谢谢...

如果您用了酶进行剪切后，质谱在进行分析时会依次将链上氨基酸打断，从而形成一系列碎片离子，其中包含了碎裂顺序信息。如果你这个蛋白质虽然未知，但是可以确定常见蛋白质数据库里存在，比如swissprot或者ncbi中有，那么可以通过mascot等软件帮助你进行匹配检索，从而得到可能的剪切位点，但是其中分析过程还是比较复杂的。如果蛋白质序列不确定是不是在已有数据库中存在，可以使用高精度质谱，比如Orbi-HCD等方法进行高精度的肽段序列de novo，这个也是在mascot里可以自动实现的，这样的话就能帮助你快速找到酶切位点和肽段序列了。当然前提是你实验能够尽可能的纯化你的蛋白以及采用的质谱精度足够高。