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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于LC-MS和MS/MS分析多肽氨基酸的问题
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shygza

铜虫 (初入文坛)
★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与。你不能保证楼主用的酶在mascot的列表里吧。 2012-09-27 06:06:39
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhen_fang at 2012-09-26 10:10:11
我对质谱有点不是很明白。想问的问题的确是“质谱是如何分析这些剪切位点”。感谢你的回答，简单明了，谢谢...

如果您用了酶进行剪切后，质谱在进行分析时会依次将链上氨基酸打断，从而形成一系列碎片离子，其中包含了碎裂顺序信息。如果你这个蛋白质虽然未知，但是可以确定常见蛋白质数据库里存在，比如swissprot或者ncbi中有，那么可以通过mascot等软件帮助你进行匹配检索，从而得到可能的剪切位点，但是其中分析过程还是比较复杂的。如果蛋白质序列不确定是不是在已有数据库中存在，可以使用高精度质谱，比如Orbi-HCD等方法进行高精度的肽段序列de novo，这个也是在mascot里可以自动实现的，这样的话就能帮助你快速找到酶切位点和肽段序列了。当然前提是你实验能够尽可能的纯化你的蛋白以及采用的质谱精度足够高。
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zhen_fang
11楼2012-09-26 23:38:38
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
10楼: Originally posted by wizardfan at 2012-09-26 16:17:47
there are several search engines to do this job (MS/MS ion search)
Mascot
OMSSA
X!Tandem...

Thank You！
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12楼2012-09-27 08:06:24
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by shygza at 2012-09-26 23:38:38
如果您用了酶进行剪切后，质谱在进行分析时会依次将链上氨基酸打断，从而形成一系列碎片离子，其中包含了碎裂顺序信息。如果你这个蛋白质虽然未知，但是可以确定常见蛋白质数据库里存在，比如swissprot或者ncbi中有 ...

哇，你的回答真的很到位，我不知道怎么给你金币呢，因为前面给过了。看到你的回复，我有点明白MS分析了
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13楼2012-09-27 08:08:35
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swhwlz

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wizardfan at 2012-09-25 07:27:28
假设你知道蛋白质的序列，
MS/MS可以用de veno的方法得到多肽序列，然后比对。

您好，请问哪里可以做 de veno多肽测序的
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14楼2015-08-25 17:18:56
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