应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 质谱分析 » 懂质谱的高人请进，质谱分析蛋白质后的结果看不懂
141/2返回列表12下一页
查看: 5019  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ivyvampire

新虫 (正式写手)

[求助] 懂质谱的高人请进，质谱分析蛋白质后的结果看不懂

如图，质谱分析结果中，peptide sequence那一行，括号是什么意思，哪一段才是多肽勒
Peptide sequencee
(K)LVNKIQK(L)
这里的括号是什么意思，那这段多肽包括括号里的内容还是怎么？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-13 15:58:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？
赞一下 回复此楼
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
2楼2012-06-13 21:39:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-13 21:39:12
你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？

诶，这个是文献中看到的一张结果图，用的MALDI-TOF跑的，就不太懂旁边括号的意思，因为我们需要肽段
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-14 08:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。
赞一下 回复此楼
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
4楼2012-06-14 09:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-14 09:27:39
是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。

有可能哦，俺也不太懂，俺怀疑要么表示其两端
要么可能是不确定到底是哪个氨基酸，所以打了个括号
你认为哪种可能性比较大啊
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-14 10:26:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ivyvampire: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢啦，我自己昨天又看了下，应该就是指的下一个集团，嘿嘿 2012-06-15 09:53:36
K与L还是相差比较大的。因此，应该不是指不确定。C/N基也不需要两个都表示出来。可能是指下一个基团可能要连接的。一般是用小数点吧。
赞一下 回复此楼
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
6楼2012-06-14 11:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cpn

木虫 (正式写手)
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是R和K，就是trypsin的酶切位点。
frgmentaion里面对应的就是该断多肽在该蛋白上的位置，把这个排一排，还可以大概知道这个PMF的序列覆盖度。
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-16 14:31:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cpn at 2012-06-16 14:31:35
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是 ...

是的，之前也有这种猜测，但是不确定，后面比对了前后序列之后，可以确定了，CPN同学貌似对这方面很懂啊，之前俺没有做过相关方面的
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-18 10:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

TrickyVick

金虫 (小有名气)
括号是前后的一个氨基酸，其实主要是看是不是trypsin有没有miss cleavage
最后一列是氨基酸上的modification 1Met是Methionine上有oxidation这个是经常有的无所谓。最后一个1 PO4是磷酸化，但你没做MS2无法确定是哪一个，一般来说是T threonine上面
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-27 11:55:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suneternal

木虫 (小有名气)
这是一般的trypsin digestion 之后的分析吧，不在括号里的是peptides sequence。两个括号是指前后的氨基酸残基，trypsin一般就切K和R后，所以前一个括号里不是K就是R，后一个括号之前的不是K就是R.
赞一下 回复此楼
10楼2013-06-11 07:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ivyvampire 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 03:58 by gy1nBQXYQJqL
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 3/150 2026-08-29 03:23 by gy1nBQXYQJqL
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +13 晴天加油 2026-08-26 14/700 2026-08-28 18:36 by huagongfeihu
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金不中，共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭