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ivyvampire

新虫 (正式写手)

[求助] 懂质谱的高人请进,质谱分析蛋白质后的结果看不懂

如图,质谱分析结果中,peptide sequence那一行,括号是什么意思,哪一段才是多肽勒
Peptide sequencee
(K)LVNKIQK(L)
这里的括号是什么意思,那这段多肽包括括号里的内容还是怎么?
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zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这是用什么型号做的呢?偏差这么大,好不好定结构哦?最好用超高分辨质谱做一下,把误差缩小了,再来比对搜索,才比较好吧?
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
2楼2012-06-13 21:39:12
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ivyvampire

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-13 21:39:12
你这是用什么型号做的呢?偏差这么大,好不好定结构哦?最好用超高分辨质谱做一下,把误差缩小了,再来比对搜索,才比较好吧?

诶,这个是文献中看到的一张结果图,用的MALDI-TOF跑的,就不太懂旁边括号的意思,因为我们需要肽段
3楼2012-06-14 08:58:39
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zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是N端(氨基端)和C端(羧基端)?不好意思,不能肯定哦。
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
4楼2012-06-14 09:27:39
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ivyvampire

新虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-14 09:27:39
是不是N端(氨基端)和C端(羧基端)?不好意思,不能肯定哦。

有可能哦,俺也不太懂,俺怀疑要么表示其两端
要么可能是不确定到底是哪个氨基酸,所以打了个括号
你认为哪种可能性比较大啊
5楼2012-06-14 10:26:47
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zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


ivyvampire: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢啦,我自己昨天又看了下,应该就是指的下一个集团,嘿嘿 2012-06-15 09:53:36
K与L还是相差比较大的。因此,应该不是指不确定。C/N基也不需要两个都表示出来。可能是指下一个基团可能要连接的。一般是用小数点吧。
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
6楼2012-06-14 11:42:57
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cpn

木虫 (正式写手)

括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧?不知道lz有没有注意到,前面一个括号里的氨基酸都是R和K,而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是R和K,就是trypsin的酶切位点。
frgmentaion里面对应的就是该断多肽在该蛋白上的位置,把这个排一排,还可以大概知道这个PMF的序列覆盖度。
7楼2012-06-16 14:31:35
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ivyvampire

新虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by cpn at 2012-06-16 14:31:35
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧?不知道lz有没有注意到,前面一个括号里的氨基酸都是R和K,而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是 ...

是的,之前也有这种猜测,但是不确定,后面比对了前后序列之后,可以确定了,CPN同学貌似对这方面很懂啊,之前俺没有做过相关方面的
8楼2012-06-18 10:49:18
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TrickyVick

金虫 (小有名气)

括号是前后的一个氨基酸,其实主要是看是不是trypsin有没有miss cleavage
最后一列是氨基酸上的modification 1Met是Methionine上有oxidation这个是经常有的无所谓。最后一个1 PO4是磷酸化,但你没做MS2无法确定是哪一个,一般来说是T threonine上面
9楼2013-05-27 11:55:34
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suneternal

木虫 (小有名气)

这是一般的trypsin digestion 之后的分析吧,不在括号里的是peptides sequence。两个括号是指前后的氨基酸残基,trypsin一般就切K和R后,所以前一个括号里不是K就是R,后一个括号之前的不是K就是R.
10楼2013-06-11 07:53:23
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