应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 质谱分析 » 懂质谱的高人请进，质谱分析蛋白质后的结果看不懂
141/2返回列表12下一页
查看: 4693  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ivyvampire

新虫 (正式写手)

[求助] 懂质谱的高人请进，质谱分析蛋白质后的结果看不懂

如图，质谱分析结果中，peptide sequence那一行，括号是什么意思，哪一段才是多肽勒
Peptide sequencee
(K)LVNKIQK(L)
这里的括号是什么意思，那这段多肽包括括号里的内容还是怎么？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-13 15:58:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？
赞一下 回复此楼
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
2楼2012-06-13 21:39:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-13 21:39:12
你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？

诶，这个是文献中看到的一张结果图，用的MALDI-TOF跑的，就不太懂旁边括号的意思，因为我们需要肽段
赞一下 回复此楼
3楼2012-06-14 08:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。
赞一下 回复此楼
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
4楼2012-06-14 09:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-14 09:27:39
是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。

有可能哦，俺也不太懂，俺怀疑要么表示其两端
要么可能是不确定到底是哪个氨基酸，所以打了个括号
你认为哪种可能性比较大啊
赞一下 回复此楼
5楼2012-06-14 10:26:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ivyvampire: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢啦，我自己昨天又看了下，应该就是指的下一个集团，嘿嘿 2012-06-15 09:53:36
K与L还是相差比较大的。因此，应该不是指不确定。C/N基也不需要两个都表示出来。可能是指下一个基团可能要连接的。一般是用小数点吧。
赞一下 回复此楼
专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
6楼2012-06-14 11:42:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cpn

木虫 (正式写手)
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是R和K，就是trypsin的酶切位点。
frgmentaion里面对应的就是该断多肽在该蛋白上的位置，把这个排一排，还可以大概知道这个PMF的序列覆盖度。
赞一下 回复此楼
7楼2012-06-16 14:31:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cpn at 2012-06-16 14:31:35
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是 ...

是的，之前也有这种猜测，但是不确定，后面比对了前后序列之后，可以确定了，CPN同学貌似对这方面很懂啊，之前俺没有做过相关方面的
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-18 10:49:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

TrickyVick

金虫 (小有名气)
括号是前后的一个氨基酸，其实主要是看是不是trypsin有没有miss cleavage
最后一列是氨基酸上的modification 1Met是Methionine上有oxidation这个是经常有的无所谓。最后一个1 PO4是磷酸化，但你没做MS2无法确定是哪一个，一般来说是T threonine上面
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-27 11:55:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

suneternal

木虫 (小有名气)
这是一般的trypsin digestion 之后的分析吧，不在括号里的是peptides sequence。两个括号是指前后的氨基酸残基，trypsin一般就切K和R后，所以前一个括号里不是K就是R，后一个括号之前的不是K就是R.
赞一下 回复此楼
10楼2013-06-11 07:53:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ivyvampire 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:17 by pswait
[考研] 070300化学求调剂 +9 苑豆豆 2026-03-20 9/450 2026-03-24 17:15 by licg0208
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +5 谷雨上岸 2026-03-23 6/300 2026-03-24 16:32 by laoshidan
[考研] 300求调剂，材料科学英一数二 +5 leaflight 2026-03-24 5/250 2026-03-24 16:25 by laoshidan
[材料工程] 一志愿C9材料与化工专业总分300求调剂 +4 曼111 2026-03-24 5/250 2026-03-24 15:44 by 星空星月
[考研] 求调剂一志愿武汉理工大学材料工程（085601） +5 WW.' 2026-03-23 7/350 2026-03-24 14:50 by sprinining
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +3 哈哈157349 2026-03-21 3/150 2026-03-24 14:11 by zhyzzh
[考研] 344求调剂 +3 desto 2026-03-24 3/150 2026-03-24 10:09 by 搏击518
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 材料/农业专业，07/08开头均可，过线就行 +3 呵唔哦豁 2026-03-23 4/200 2026-03-23 22:30 by 汪！？！
[考研] 327求调剂 +5 prayer13 2026-03-23 5/250 2026-03-23 22:11 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 291 求调剂 +4 化工2026届毕业� 2026-03-21 5/250 2026-03-23 16:46 by 化工2026届毕业�
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 考研调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-21 3/150 2026-03-21 20:04 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 22 350 本科985求调剂，求老登收留 +3 李轶男003 2026-03-20 3/150 2026-03-21 13:28 by 搏击518
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 一志愿苏州大学材料求调剂，总分315（英一） +5 sbdksD 2026-03-19 5/250 2026-03-20 22:10 by luoyongfeng
[考研] 295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭