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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 化学化工区 » 分析 » 质谱分析 » 懂质谱的高人请进，质谱分析蛋白质后的结果看不懂
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ivyvampire

新虫 (正式写手)

[求助] 懂质谱的高人请进，质谱分析蛋白质后的结果看不懂

如图，质谱分析结果中，peptide sequence那一行，括号是什么意思，哪一段才是多肽勒
Peptide sequencee
(K)LVNKIQK(L)
这里的括号是什么意思，那这段多肽包括括号里的内容还是怎么？
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1楼 2012-06-13 15:58:13
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zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？
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专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
2楼2012-06-13 21:39:12
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ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-13 21:39:12
你这是用什么型号做的呢？偏差这么大，好不好定结构哦？最好用超高分辨质谱做一下，把误差缩小了，再来比对搜索，才比较好吧？

诶，这个是文献中看到的一张结果图，用的MALDI-TOF跑的，就不太懂旁边括号的意思，因为我们需要肽段
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3楼2012-06-14 08:58:39
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zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。
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专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
4楼2012-06-14 09:27:39
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ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zwlinxm at 2012-06-14 09:27:39
是不是N端（氨基端）和C端（羧基端）？不好意思，不能肯定哦。

有可能哦，俺也不太懂，俺怀疑要么表示其两端
要么可能是不确定到底是哪个氨基酸，所以打了个括号
你认为哪种可能性比较大啊
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5楼2012-06-14 10:26:47
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zwlinxm

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
ivyvampire: 金币+1, ★★★很有帮助, 谢谢啦，我自己昨天又看了下，应该就是指的下一个集团，嘿嘿 2012-06-15 09:53:36
K与L还是相差比较大的。因此，应该不是指不确定。C/N基也不需要两个都表示出来。可能是指下一个基团可能要连接的。一般是用小数点吧。
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专司超高分辨质谱和基质辅助激光解析飞行时间质谱
6楼2012-06-14 11:42:57
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cpn

木虫 (正式写手)
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是R和K，就是trypsin的酶切位点。
frgmentaion里面对应的就是该断多肽在该蛋白上的位置，把这个排一排，还可以大概知道这个PMF的序列覆盖度。
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7楼2012-06-16 14:31:35
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ivyvampire

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cpn at 2012-06-16 14:31:35
括号里面应该指的是上一连接的氨基酸和下一连接的氨基酸。
这个蛋白应该是trypsin酶解完再去做MALDI的吧？不知道lz有没有注意到，前面一个括号里的氨基酸都是R和K，而后面一个括号里的氨基酸的前面一个氨基酸也都是 ...

是的，之前也有这种猜测，但是不确定，后面比对了前后序列之后，可以确定了，CPN同学貌似对这方面很懂啊，之前俺没有做过相关方面的
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8楼2012-06-18 10:49:18
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TrickyVick

金虫 (小有名气)
括号是前后的一个氨基酸，其实主要是看是不是trypsin有没有miss cleavage
最后一列是氨基酸上的modification 1Met是Methionine上有oxidation这个是经常有的无所谓。最后一个1 PO4是磷酸化，但你没做MS2无法确定是哪一个，一般来说是T threonine上面
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9楼2013-05-27 11:55:34
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suneternal

木虫 (小有名气)
这是一般的trypsin digestion 之后的分析吧，不在括号里的是peptides sequence。两个括号是指前后的氨基酸残基，trypsin一般就切K和R后，所以前一个括号里不是K就是R，后一个括号之前的不是K就是R.
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10楼2013-06-11 07:53:23
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