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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 关于荧光定量PCR引物设计的问题

如题,我有一个疑问,就是我现在有一些转录组测序的序列,但是只是部分序列,还没有全长,但是我想QRT-PCR。设计引物时用测得的序列设计,但是总是没有完美的,有二聚体,有的有错配。扩出来效果不好,但是用primer5找不出好的,是不是我的序列只是部分的?还是这段序列没有符合荧光定量条件要求的引物位点?要是这样该怎么办啊?

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yang0071

木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发贴积极交流。 2013-11-29 13:11:51
lwk5716: 金币+7 2014-01-23 11:32:04
lwk5716: 金币+8, 有帮助 2014-01-23 20:25:36
直接放弃比较好........................
2楼2013-11-29 09:34:33
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yang0071 at 2013-11-29 09:34:33
直接放弃比较好........................

我做的是小麦的,没别的办法了吗?
3楼2013-11-29 15:17:21
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yang0071 at 2013-11-29 09:34:33
直接放弃比较好........................

用什么方法替代荧光定量?半定量吗?谢谢你的回答。
4楼2013-11-29 21:40:47
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

我还有个问题是,有些试剂公司卖的sybr green试剂用两步法,既退火延伸合成一步了,但是不同引物的Tm值不同,这会不会有影响啊?
5楼2013-12-26 16:20:35
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成功源于想像

铜虫 (小有名气)

做荧光定量最好用web primer这是网址:http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer。primer5有个缺点,不管怎么样都会出来引物,而web primer只有付合要求才能设计出引物,这样就要求自己选择合适的片段来设计引物,而这样设计出来的引物表现也是非常出色的~~另外不知道楼主的研究对象没有基因组信息,如果有建议进行外显子分区,然后将引物设计成跨外显子的。
6楼2014-06-04 17:01:26
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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 成功源于想像 at 2014-06-04 17:01:26
做荧光定量最好用web primer这是网址:http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer。primer5有个缺点,不管怎么样都会出来引物,而web primer只有付合要求才能设计出引物,这样就要求自己选择合适的片段来设计引 ...

谢谢你。
7楼2014-06-06 21:26:22
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成功源于想像

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lwk5716 at 2013-12-26 16:20:35
我还有个问题是,有些试剂公司卖的sybr green试剂用两步法,既退火延伸合成一步了,但是不同引物的Tm值不同,这会不会有影响啊?

有影响,所以我们在设计引物时最好将不同基因的控制在相同范围,比如说都在59度到61度之间!

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-06-08 23:50:13
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