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miemie1

新虫 (初入文坛)

[求助] P不出来目的条带,求help

上游:tgctctagaACAAGTTTGTACAAAAAAGCTGAACGAGAA
下游:cggggtaccCACCACTTTGTACAAGAAAGCTGAACGAGA
模板序列为:TAGATCACAAGTTTGTACAAAAAAGCTGAACGAGAAACGTAAAATGATATAAATATCAATATATTAAATTAGATTTTGCA
TAAAAAACAGACTACATAATACTGTAAAACACAACATATCCAGTCACTATGGCGGCCGCATTAGGCACCCCAGGCTTTAC
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CCCTAAAGGGTTTATTGAGAATATGTTTTTCGTCTCAGCCAATCCCTGGGTGAGTTTCACCAGTTTTGATTTAAACGTGG
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GCGATTCAGGTTCATCATGCCGTCTGTGATGGCTTCCATGTCGGCAGAATGCTTAATGAATTACAACAGTACTGCGATGA
GTGGCAGGGCGGGGCGTAAACGCGTGGATCCGGCTTACTAAAAGCCAGATAACAGTATGCGTATTTGCGCGCTGATTTTT
GCGGTATAAGAATATATACTGATATGTATACCCGAAGTATGTCAAAAAGAGGTGTGCTATGAAGCAGCGTATTACAGTGA
CAGTTGACAGCGACAGCTATCAGTTGCTCAAGGCATATATGATGTCAATATCTCCGGTCTGGTAAGCACAACCATGCAGA
ATGAAGCCCGTCGTCTGCGTGCCGAACGCTGGAAAGCGGAAAATCAGGAAGGGATGGCTGAGGTCGCCCGGTTTATTGAA
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ATGAGCGCATTGTTAGATTTCATACACGGTGCCTGACTGCGTTAGCAATTTAACTGTGATAAACTACCGCATTAAAGCTT
ATCGATGATAAGCTGTCAAACATGAGAATTCTTGAAGACGAAAGGGCCTCGTGATACGCC

P了多次都P不出来   什么都没有,酶、buffer什么的都没有问题   就是P不出来   求解
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wuyao0513

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
目测了下 引物设计的不合理!好好设计引物吧,好的开头是成功的一半~~~引物一定好好设计,否则伤财费时
5楼2013-11-15 15:07:19
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Lovebirdshs

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2013-11-14 23:24:00
经本人粗略分析,此对引物扩增片段大小为1706bp,可能由于过分追求片段起始部分基因,正向引物起始点为7bp处,该引物存在引物二聚体及错配现象,分析显示大部分存在于5·端,影响应该不大

反向引物问题就比较严重了,发卡结构、引物二聚体、错配及交叉二聚体什么的都出现了,而且其中有些还比较纠结,把3·端也给占用了,这就极大的影响了扩增

建议重新设计引物进行实验
P不出来目的条带,求help
sense primer.png


P不出来目的条带,求help-1
antisense primer.png

孤独的舞者
2楼2013-11-14 19:34:02
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jennifermatt

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
好好设计引物吧。软件显示扩增效率是14%,估计不能p出来。如果实在想头尾都P,把因为做同义突变吧。可以提高扩增效率,同时表达蛋白一致。
求是
4楼2013-11-15 11:03:57
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