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引物设计——下游引物是否需要考虑阅读框问题
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如题，本人是分子生物学小菜鸟一枚，最近刚学习如何设计引物，非常困惑。。。 请问大家，在设计上游引物的时候，起始密码子ATG的阅读框是要格外注意的，不能在加完酶切位点之后把阅读框破坏掉 那么下游引物是否需要考虑阅读框的问题呢？如果加完下游酶切位点，阅读框被破坏了，是否也需要补加碱基 还有，补加的碱基会不会影响目的基因所合成的蛋白质的表达呢。。 最后一个问题，下游引物是否需要考虑加入终止密码子呢，谢谢各位了！ |
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凌波丽
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
颜小泡泡: 金币+1, ★有帮助 2013-11-13 19:46:18
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颜小泡泡: 金币+1, ★有帮助 2013-11-13 19:46:18
| 如果你的基因片段是完整的基因片段就不会有启动子和终止子不用再加。如果是ORF，那么就要就要加上终止子。PCR扩增出来的启动子之前的片段如果没有构成明显的破坏原来的SD sequence（比如与SD sequence明显的碱基配对二级结构的引物序列），或者构成的全新的SD sequence紧随其后会有新的位点适当地ATG位点出现，那么在原核细胞中表达应该没有问题，一般不会引起阅读框的改变。如果是在真核细胞中表达，则引物不要破坏原来的5'-UTR sequence和3'-UTR sequence就一般不会引起阅读框的改变。 |
5楼2013-11-10 22:53:14
