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wendywan

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] real time PCR 结果很诡异,求助高手啊!!!

最近一直做关于VEGF gene 的Real time PCR 试验,用的是roche 480跑的pcr。

诡异的地方在于:

1 第一次sample 浓度为50ng/ul,20ul体系上样6ul,GAPDH 作为内参,结果显示出来的CT值为9-10左右,组内有人说GAPDH一般在13-15左右才会用,低于13都不会用。觉得我应该稀释模板。但是第一次改有的趋势都正常。且BDNF作为阳性ctrl,也是正常的。

2 第二次用同样的sample做。模板浓度稀释为10ng/ul。上样5ul。还是GAPDH作为内参。这次的结果是GAPDH 的平均CT 值在14-16之间。结果目的基因出来的结果是该减少的全部增加了。不知道哪次的结果是正常的?

想问的还有:一般在RNA提出来是测的浓度,作为矫正内参的参考。之后在测cDNA浓度是否没啥用处了,有人说在做反转时加了dNTP后,会影响吸光值,所以cDNA的浓度压根就不准。是否是这样的?

为什么模板稀释的浓度不一样,会出现这么大的差异?像我这种情况,究竟哪次的结果比较准确?

期待大家的帮忙啊!捉急。。。。。。。
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taccycle

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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wendywan: 金币+5 2013-10-17 13:01:06
相对定量一般都是反转录的时候把RNA粗略定量一下就好了,cDNA不用定量的,不过反转录完一般确实是需要稀释的,稀释个5到10倍都可以,这个要看RNA浓度了,内参的作用是在数据分析的时候用的,一般的Ct值落在15-30之间比较好,如果cDNA不稀释确实会影响定量结果,但是一般不会有特别大的影响,,我觉得还是以稀释后的定量结果为准,至于你说结果不好的话是不是你把样本放错了!!
用心
2楼2013-10-17 12:12:42
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wendywan

铁杆木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by taccycle at 2013-10-17 12:12:42
相对定量一般都是反转录的时候把RNA粗略定量一下就好了,cDNA不用定量的,不过反转录完一般确实是需要稀释的,稀释个5到10倍都可以,这个要看RNA浓度了,内参的作用是在数据分析的时候用的,一般的Ct值落在15-30之间 ...

谢谢!

样品应该没有放错!

RNA浓度测了之后,用的是M-MLV酶25ul反转的。如果RNA浓度过大,会不会影响反转效果?或者说cDNA中还残余一部分没反转完全的RNA或者dNTP之类的,会后续影响PCR 的结果?

我是在RNA浓度的基础上稀释成50ng/ul的,后来有稀释成10ng/ul跑的第二次。

另外在请教一下:
荧光强度峰值出现在80-84度,应该不会是二聚体吧?!一般认为温度在80以下出现峰值会认为是二聚体?
每天都应该做点有意义的事情!
3楼2013-10-17 13:00:34
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taccycle

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wendywan at 2013-10-17 13:00:34
谢谢!

样品应该没有放错!

RNA浓度测了之后,用的是M-MLV酶25ul反转的。如果RNA浓度过大,会不会影响反转效果?或者说cDNA中还残余一部分没反转完全的RNA或者dNTP之类的,会后续影响PCR 的结果?

我是在 ...

反转录体系中的那些成分确实会影响定量PCR,所以cDNA一般要稀释的,引物二聚体单看熔解峰不可靠的,最好跑个电泳看看,一般引物二聚体都在100bp以下
用心
4楼2013-10-17 13:07:19
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