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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 怎么预期酶切产物的大小？
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pycraze

木虫 (小有名气)

[求助] 怎么预期酶切产物的大小？

看了很多基因克隆和表达的论文，其中很多论文都提到“PCR产物片段大小与预期结果相符”或者“表达的蛋白与预想的一致”，，，请问怎么预知PCR产物片段和所要表达的蛋白的大小？？
请各位虫友们指教指教，不胜感激！！！
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1楼 2013-10-06 19:33:28
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bleach060452

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-10-08 20:18:06
既然是做蛋白的重组表达，肯定是知道目的基因和目的蛋白的序列的啊，所以PCR产物也就是目的基因片段的大小就是已知的啊~~蛋白的大小如果不知道，根据氨基酸序列计算一下就可以啦
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pycraze
岂能尽如人意，但求无愧我心
2楼2013-10-08 10:54:49
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黑盖儿

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-10-08 20:18:12
你在做PCR之前，要先到NCBI上查找基因序列，那个时候就能确定基因的大小。在PCR以后要跑琼脂糖凝胶电泳，会点Marker，将PCR片段对照Marker就知道大小是不是符合要求了。
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我给不了你宝马香车，锦衣玉食，但我会用一辈子去疼你，爱你，保护你
3楼2013-10-08 12:50:17
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pycraze

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by bleach060452 at 2013-10-08 10:54:49
既然是做蛋白的重组表达，肯定是知道目的基因和目的蛋白的序列的啊，所以PCR产物也就是目的基因片段的大小就是已知的啊~~蛋白的大小如果不知道，根据氨基酸序列计算一下就可以啦

如果是个新基因或新蛋白呢？那就不知道他的序列啊，，，那就没办法预知了吧？
还想问哈，如果是几丁质酶，那所有同类型细胞（真核或原核）里面的编码几丁质酶的序列都是一样的吗？谢谢~
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4楼2013-10-08 18:03:48
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pycraze

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑盖儿 at 2013-10-08 12:50:17
你在做PCR之前，要先到NCBI上查找基因序列，那个时候就能确定基因的大小。在PCR以后要跑琼脂糖凝胶电泳，会点Marker，将PCR片段对照Marker就知道大小是不是符合要求了。

那如果是未知基因呢，那不就查不到了？？那又怎么确定基因的大小了？
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5楼2013-10-08 18:05:34
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黑盖儿

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pycraze at 2013-10-08 18:05:34
那如果是未知基因呢，那不就查不到了？？那又怎么确定基因的大小了？...

未知基因也是一样要PCR，只不过用的引物不一样，PCR以后跑个琼脂糖凝胶电泳，对照一下Marker就可以大体判断一下大小了，如果要精确判断的话，还需要连接到质粒上，拿去测个序就知道了。
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pycraze
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6楼2013-10-09 09:40:18
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pycraze

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by 黑盖儿 at 2013-10-09 09:40:18
未知基因也是一样要PCR，只不过用的引物不一样，PCR以后跑个琼脂糖凝胶电泳，对照一下Marker就可以大体判断一下大小了，如果要精确判断的话，还需要连接到质粒上，拿去测个序就知道了。...

我的意思是，如果是未知基因那就不能提到“PCR产物片段大小与预期结果相符”了吧？
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7楼2013-10-09 10:07:35
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黑盖儿

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by pycraze at 2013-10-09 10:07:35
我的意思是，如果是未知基因那就不能提到“PCR产物片段大小与预期结果相符”了吧？...

可以的。有时候他们为了研究某一种蛋白，把这种蛋白纯化测序，已经知道了氨基酸的数量，可以推测出基因的预期大小（通常适用于未经过剪切的肽链构成的蛋白）
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8楼2013-10-09 10:24:58
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bleach060452

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pycraze at 2013-10-08 18:03:48
如果是个新基因或新蛋白呢？那就不知道他的序列啊，，，那就没办法预知了吧？
还想问哈，如果是几丁质酶，那所有同类型细胞（真核或原核）里面的编码几丁质酶的序列都是一样的吗？谢谢~...

如果是未知基因或蛋白，当然无从说起“与预期大小一致”，但是也就不可能做重组表达了。

对于同一种蛋白在不同表达系统中的编码当然不会都一样了，首先秘密子的偏好性不同；而且就是同一种属内也会有不同的，基因多态性么。
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岂能尽如人意，但求无愧我心
9楼2013-10-09 13:26:36
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