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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 用服务器进行分子模拟,原子数达到上万个是否可以

最近在做嵌段共聚物的分子模拟,对于单体,原子数就已经达到546个,若是聚合度=10,所建晶胞中聚合物链数=2,总原子数就已经过万,我的服务器是24核的,具体属性在附件中。
我想请问各位高手,原子数过万时,服务器能否进行正常计算?对服务器有没有大的损坏?[ 来自小组 寂寞大虫家族 ]
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  • 2013-08-29 18:32:45, 15.25 K

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yaozhq

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-09-01 10:06:10
那请问你算过的最大体系原子数有多少呐?
对于我要研究的内容,构建嵌段共聚物应该不能使用粗粒化模型吧?
非常感谢您的帮助!!...

不知道你用的什么软件 不过一般而言 MD对原子数没硬性限制 基本上就多一些就算的慢一点而已 不像QM会解不出来  一般做蛋白质模拟加上水都是几万到几十万之间原子数了 材料方面我不熟悉 不过应该有做体系更大的(百万以上) 这时候就要考虑内存够不够 还有就是电脑的散热和供电一定要保证好 剩下的就是等结果啦
9楼2013-09-02 10:09:23
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普通回帖

sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
敏sunflower: 金币+2, ★有帮助 2013-08-30 09:35:00
两根嵌段共聚物链模拟能研究什么?即便是做稀溶液中单链问题,两根也太少了。计算量太大,可以用粗粒化模型来模拟。
2楼2013-08-29 20:27:48
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-29 20:27:48
两根嵌段共聚物链模拟能研究什么?即便是做稀溶液中单链问题,两根也太少了。计算量太大,可以用粗粒化模型来模拟。

我是要用嵌段共聚物来做渗透汽化过程的模拟,包括吸附和扩散过程。看到的文献上面,没有关于嵌段共聚物用于渗透汽化过程的模拟,有关渗透汽化模拟的文献中使用的也都是像PVA这类简单的聚合物,即使在聚合度较大的时候原子数也不会太大。
我看了一些关于嵌段共聚物模拟的文献,一般是在考察它在稀溶液中的自组装行为,并用到粗粒化模型。但是在我所做的渗透汽化过程中应该不可以吧?
还希望您能够指点一下。非常感谢您的帮助!
3楼2013-08-30 09:33:29
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-08-30 09:33:29
我是要用嵌段共聚物来做渗透汽化过程的模拟,包括吸附和扩散过程。看到的文献上面,没有关于嵌段共聚物用于渗透汽化过程的模拟,有关渗透汽化模拟的文献中使用的也都是像PVA这类简单的聚合物,即使在聚合度较大的时 ...

我不懂渗透汽化。瞎问下。你用的嵌段高分子是不是用作渗透气化中的膜,两根链能模拟膜吗?你还是先拿两根链来研究清楚链内相互作用的细节?
4楼2013-08-30 16:25:53
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sciencejoy at 2013-08-30 16:25:53
我不懂渗透汽化。瞎问下。你用的嵌段高分子是不是用作渗透气化中的膜,两根链能模拟膜吗?你还是先拿两根链来研究清楚链内相互作用的细节?...

是要模拟渗透汽化中的膜,然后研究被分离的混合物(假如由A、B两种分子组成)在膜中的吸附、扩散过程。对于渗透汽化膜,需要模拟计算其主链的均方位移,自由体积,XRD。吸附、扩散过程,就是要模拟计算A、B两种分子在膜中扩散时的均方位移,吸附等温线
5楼2013-08-30 17:10:47
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
敏sunflower: 金币+3, ★有帮助 2013-09-01 10:07:49
模拟计算不会把计算机算坏的,而且你的体系也不算大。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2013-08-31 15:12:29
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by emrecoba at 2013-08-31 15:12:29
模拟计算不会把计算机算坏的,而且你的体系也不算大。

那请问你算过的最大体系原子数有多少呐?
对于我要研究的内容,构建嵌段共聚物应该不能使用粗粒化模型吧?
非常感谢您的帮助!!
7楼2013-09-01 10:06:10
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emrecoba

银虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 敏sunflower at 2013-09-01 10:06:10
那请问你算过的最大体系原子数有多少呐?
对于我要研究的内容,构建嵌段共聚物应该不能使用粗粒化模型吧?
非常感谢您的帮助!!...

大概20多万吧。
对于你的体系,一个重要的问题是粗粒化后是否还可以正确描述膜和膜与这些分子之间的相互作用力。
8楼2013-09-02 10:09:02
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

送红花一朵
非常感谢你!希望有机会还能跟你交流!
10楼2013-09-03 08:48:21
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