| 查看: 1443 | 回复: 5 | |||
[交流]
s s p边界 原子数增多的问题
|
|
我用lattice 命令建了一个含8个原子的unit cell 然后创建一个4*4*16的方盒子 用f f p边界条件时，创建的原子数是2048，和我预想的一样。 但是用s s p边界条件时，原子数确成了2320！看了手册上对boundary的介绍，还是不理解用s的边界原子数增多了。 是否是由于s边界条件会在lattice的上下表面都添加原子，这样扩胞是原子重叠引起的原子数增加呢，这样的话应该怎么解决呢？ 谢谢了！ |
回复此楼» 猜你喜欢
不自信的我
已经有6人回复
-
磺酰氟产物，毕不了业了！
已经有8人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有10人回复
-
26申博（荧光探针方向，有机合成）
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有3人回复
-
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有26人回复
-
2026年机械制造与材料应用国际会议 （ICMMMA 2026）
已经有4人回复
-
Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言
已经有8人回复
-
北京211副教授，35岁，想重新出发，去国外做博后，怎么样？
已经有8人回复
-
自荐读博
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求查询金属化合物的晶格参数,晶体结构,空间群,以及原子位置相关的网站或者书籍
已经有15人回复
- Fe78Si13B9成分中的数字是原子百分数还是质量百分数？
已经有13人回复
- 【讨论】压电陶瓷极化问题
已经有7人回复
- 【求助完毕】vasp-slab-边界附近原子顶位吸附小分子的结构优化很难收敛吗？
已经有5人回复
- 【求助】vasp为什么采用周期性边界条件（或超原胞模型）来处理原子分子表面体系等，有
已经有8人回复
- 【求助】求助：原子吸收测定问题？
已经有10人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
坐标济南，来碰碰运气
+1/450
-
双一流南京医科大学招计算机、AI、统计、生物信息等方向26年9月入学博士
+1/177
-
供应德国EXAKT艾卡特半导体导热散热材料三辊研磨机50 PLUS
+1/85
-
科瑞赛生物内皮细胞培养基试用装限时大放送，助力你的实验高效进阶！
+1/84
-
澳门大学智慧城市物联网国重“结构智能感知、健康监测与无损检测”研究方向博士后招聘
+1/77
-
北京—征老婆
+1/77
-
美国密歇根州立大学林学系杜海顺课题组招收全奖博士生及联合培养博士生
+1/74
-
希望你在这里
+1/62
-
山东征女友，坐标济南
+1/60
-
昆明理工大学冶能院离子液体冶金课题组招收博士
+1/57
-
坐标济南，山东农科院招 有机合成 or 药物化学 联培硕士研究生
+1/37
-
深圳信息职业技术大学-博后招聘（优秀可留校）
+1/31
-
太原理工大学电工部招聘老师-偏电类专业的博士们快来看啊
+1/21
-
2026年黄河科技学院纳米功能材料研究所招聘
+2/14
-
信息工程大学教授团队网络空间安全专业博士招生【2026年1月31日报名截止】
+1/8
-
求博导收留
+1/5
-
代算！材料学理论计算
+1/3
-
浙江大学傅杰团队(杰青)高薪招聘博士后1
+1/3
-
北京工业大学材料学院吴玉锋教授、王长龙研究员招收博士研究生
+1/3
-
中国科学院苏州纳米所院士团队博士后岗位招聘
+1/1
2楼2011-06-28 21:11:59
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
|
你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件，最简单最直接的方法就是： 1. 用周期性边界条件，生成2048个原子，并把构型写入一个数据文件中； 2. 用非周期性边界条件，初始构型从数据文件读入。呵呵。 第二种方法： 先检查一下你的构型，是不是像你想的那样，用了s边界后，生成的原子在上下表面都有，如果是的话，那么可以： 1. 用s边界，生成2320个原子。 2. 把上边界或者下边界的原子定义到一个group中。 3. 用delete_atom命令，把不需要的原子删掉。呵呵。 这个方法只需要一个script，但是你第一次使用的话，要对生成的构型进行仔细验证，实际上还是需要用一个周期性边界的构型来对比。 |
3楼2011-06-28 22:10:17
★
御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思，错评对象。 2011-06-29 10:54:12
御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思，错评对象。 2011-06-29 10:54:12
|
我是这样解决的这个问题： region box block 0 0.95 0 0.95 0 16 #read_data data.Si create_box 1 box create_atoms 1 box replicate 4 4 1 开始先建一个1*1*16的盒子，然后用replicate命令在x y方向扩大4倍。 在往盒子里填原子的时候，为了避免边界原子重复填入，所以我在用region划区的时候 不是选的0 1 0 1，而是 0 0.95 0 0.95，这样上边界不在盒子内，原子就不会再填入上边界了。 不知道这样做可不可以？ |
4楼2011-06-29 09:14:56
5楼2011-06-29 14:33:06
6楼2011-08-07 19:05:54