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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » s s p边界 原子数增多的问题
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congmingbing

木虫 (正式写手)

[交流] s s p边界 原子数增多的问题

我用lattice 命令建了一个含8个原子的unit cell
然后创建一个4*4*16的方盒子
用f f p边界条件时，创建的原子数是2048，和我预想的一样。
但是用s s p边界条件时，原子数确成了2320！看了手册上对boundary的介绍，还是不理解用s的边界原子数增多了。
是否是由于s边界条件会在lattice的上下表面都添加原子，这样扩胞是原子重叠引起的原子数增加呢，这样的话应该怎么解决呢？

谢谢了！
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1楼 2011-06-15 21:34:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件，最简单最直接的方法就是：
1. 用周期性边界条件，生成2048个原子，并把构型写入一个数据文件中；
2. 用非周期性边界条件，初始构型从数据文件读入。呵呵。

第二种方法：
先检查一下你的构型，是不是像你想的那样，用了s边界后，生成的原子在上下表面都有，如果是的话，那么可以：
1. 用s边界，生成2320个原子。
2. 把上边界或者下边界的原子定义到一个group中。
3. 用delete_atom命令，把不需要的原子删掉。呵呵。
这个方法只需要一个script，但是你第一次使用的话，要对生成的构型进行仔细验证，实际上还是需要用一个周期性边界的构型来对比。
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3楼2011-06-28 22:10:17
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hyliao

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-29 10:51:58
s自由边界，就是说边界上的原子都属于这个区域，没有与其他边界共享。比如一个晶包（二位的正方形）四个角上都有一个原子。如果x，y方向都是f的话，那么就只算一个原子。如果x，y方向是s的话，则有4个原子。
以上是个人观点，不对的地方还请指正。
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2楼2011-06-28 21:11:59
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congmingbing

木虫 (正式写手)
★
御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思，错评对象。 2011-06-29 10:54:12
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-06-28 22:10:17:
你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件，最简单最直接的方法就是：
1. 用周期性边界条件，生成2048个原子，并把构型写入一个数据文件中；
2. 用非周期性边界条件，初始构型从数据文件读入。呵呵。

第 ...

我是这样解决的这个问题：
region            box  block 0  0.95  0  0.95  0  16
#read_data         data.Si
create_box        1  box
create_atoms      1  box
replicate         4 4 1

开始先建一个1*1*16的盒子，然后用replicate命令在x y方向扩大4倍。
在往盒子里填原子的时候，为了避免边界原子重复填入，所以我在用region划区的时候
不是选的0 1 0 1，而是 0  0.95  0  0.95，这样上边界不在盒子内，原子就不会再填入上边界了。

不知道这样做可不可以？
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4楼2011-06-29 09:14:56
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-08-09 11:11:24
嗯。开动脑筋，办法总比问题多。呵呵。不管你用什么方法，你最后简单地检验一下，是正确的，就可以了。
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5楼2011-06-29 14:33:06
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