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s s p边界 原子数增多的问题
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我用lattice 命令建了一个含8个原子的unit cell 然后创建一个4*4*16的方盒子 用f f p边界条件时,创建的原子数是2048,和我预想的一样。 但是用s s p边界条件时,原子数确成了2320!看了手册上对boundary的介绍,还是不理解用s的边界原子数增多了。 是否是由于s边界条件会在lattice的上下表面都添加原子,这样扩胞是原子重叠引起的原子数增加呢,这样的话应该怎么解决呢? 谢谢了! |
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5楼2011-06-29 14:33:06
2楼2011-06-28 21:11:59
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congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
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你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件,最简单最直接的方法就是: 1. 用周期性边界条件,生成2048个原子,并把构型写入一个数据文件中; 2. 用非周期性边界条件,初始构型从数据文件读入。呵呵。 第二种方法: 先检查一下你的构型,是不是像你想的那样,用了s边界后,生成的原子在上下表面都有,如果是的话,那么可以: 1. 用s边界,生成2320个原子。 2. 把上边界或者下边界的原子定义到一个group中。 3. 用delete_atom命令,把不需要的原子删掉。呵呵。 这个方法只需要一个script,但是你第一次使用的话,要对生成的构型进行仔细验证,实际上还是需要用一个周期性边界的构型来对比。 |
3楼2011-06-28 22:10:17
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御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思,错评对象。 2011-06-29 10:54:12
御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思,错评对象。 2011-06-29 10:54:12
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我是这样解决的这个问题: region box block 0 0.95 0 0.95 0 16 #read_data data.Si create_box 1 box create_atoms 1 box replicate 4 4 1 开始先建一个1*1*16的盒子,然后用replicate命令在x y方向扩大4倍。 在往盒子里填原子的时候,为了避免边界原子重复填入,所以我在用region划区的时候 不是选的0 1 0 1,而是 0 0.95 0 0.95,这样上边界不在盒子内,原子就不会再填入上边界了。 不知道这样做可不可以? |
4楼2011-06-29 09:14:56














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