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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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congmingbing

木虫 (正式写手)


[交流] s s p边界 原子数增多的问题

我用lattice 命令建了一个含8个原子的unit cell
然后创建一个4*4*16的方盒子
用f f p边界条件时,创建的原子数是2048,和我预想的一样。
但是用s s p边界条件时,原子数确成了2320!看了手册上对boundary的介绍,还是不理解用s的边界原子数增多了。
是否是由于s边界条件会在lattice的上下表面都添加原子,这样扩胞是原子重叠引起的原子数增加呢,这样的话应该怎么解决呢?

谢谢了!
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congmingbing

木虫 (正式写手)



御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思,错评对象。 2011-06-29 10:54:12
引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2011-06-28 22:10:17:
你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件,最简单最直接的方法就是:
1. 用周期性边界条件,生成2048个原子,并把构型写入一个数据文件中;
2. 用非周期性边界条件,初始构型从数据文件读入。呵呵。

第 ...

我是这样解决的这个问题:
region            box  block 0  0.95  0  0.95  0  16
#read_data         data.Si
create_box        1  box
create_atoms      1  box
replicate         4 4 1

开始先建一个1*1*16的盒子,然后用replicate命令在x y方向扩大4倍。
在往盒子里填原子的时候,为了避免边界原子重复填入,所以我在用region划区的时候
不是选的0 1 0 1,而是 0  0.95  0  0.95,这样上边界不在盒子内,原子就不会再填入上边界了。

不知道这样做可不可以?
4楼2011-06-29 09:14:56
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hyliao

铜虫 (小有名气)


★ ★ ★ ★
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-06-29 10:51:58
s自由边界,就是说边界上的原子都属于这个区域,没有与其他边界共享。比如一个晶包(二位的正方形)四个角上都有一个原子。如果x,y方向都是f的话,那么就只算一个原子。如果x,y方向是s的话,则有4个原子。
以上是个人观点,不对的地方还请指正。
2楼2011-06-28 21:11:59
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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件,最简单最直接的方法就是:
1. 用周期性边界条件,生成2048个原子,并把构型写入一个数据文件中;
2. 用非周期性边界条件,初始构型从数据文件读入。呵呵。

第二种方法:
先检查一下你的构型,是不是像你想的那样,用了s边界后,生成的原子在上下表面都有,如果是的话,那么可以:
1. 用s边界,生成2320个原子。
2. 把上边界或者下边界的原子定义到一个group中。
3. 用delete_atom命令,把不需要的原子删掉。呵呵。
这个方法只需要一个script,但是你第一次使用的话,要对生成的构型进行仔细验证,实际上还是需要用一个周期性边界的构型来对比。
3楼2011-06-28 22:10:17
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★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-08-09 11:11:24
嗯。开动脑筋,办法总比问题多。呵呵。不管你用什么方法,你最后简单地检验一下,是正确的,就可以了。
5楼2011-06-29 14:33:06
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