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s s p边界 原子数增多的问题
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我用lattice 命令建了一个含8个原子的unit cell 然后创建一个4*4*16的方盒子 用f f p边界条件时，创建的原子数是2048，和我预想的一样。 但是用s s p边界条件时，原子数确成了2320！看了手册上对boundary的介绍，还是不理解用s的边界原子数增多了。 是否是由于s边界条件会在lattice的上下表面都添加原子，这样扩胞是原子重叠引起的原子数增加呢，这样的话应该怎么解决呢？ 谢谢了！ |
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2楼2011-06-28 21:11:59
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congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
congmingbing(金币+1):谢谢参与
御剑江湖(金币+10): 谢谢 2011-06-29 10:52:25
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你如果只想用2048个原子又不想用周期性边界条件，最简单最直接的方法就是： 1. 用周期性边界条件，生成2048个原子，并把构型写入一个数据文件中； 2. 用非周期性边界条件，初始构型从数据文件读入。呵呵。 第二种方法： 先检查一下你的构型，是不是像你想的那样，用了s边界后，生成的原子在上下表面都有，如果是的话，那么可以： 1. 用s边界，生成2320个原子。 2. 把上边界或者下边界的原子定义到一个group中。 3. 用delete_atom命令，把不需要的原子删掉。呵呵。 这个方法只需要一个script，但是你第一次使用的话，要对生成的构型进行仔细验证，实际上还是需要用一个周期性边界的构型来对比。 |
3楼2011-06-28 22:10:17
★
御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思，错评对象。 2011-06-29 10:54:12
御剑江湖(金币+8): 谢谢 2011-06-29 10:52:37
御剑江湖(金币-7): 不好意思，错评对象。 2011-06-29 10:54:12
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我是这样解决的这个问题： region box block 0 0.95 0 0.95 0 16 #read_data data.Si create_box 1 box create_atoms 1 box replicate 4 4 1 开始先建一个1*1*16的盒子，然后用replicate命令在x y方向扩大4倍。 在往盒子里填原子的时候，为了避免边界原子重复填入，所以我在用region划区的时候 不是选的0 1 0 1，而是 0 0.95 0 0.95，这样上边界不在盒子内，原子就不会再填入上边界了。 不知道这样做可不可以？ |
4楼2011-06-29 09:14:56
5楼2011-06-29 14:33:06
6楼2011-08-07 19:05:54