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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 为什么在创建原子时有时候会出现多余的键？
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lyminghao

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么在创建原子时有时候会出现多余的键？

大家好，我是分子模拟的新手。在练习lammps自带的算例时，运行crack算例和indent算例，原子之间出现多余的化学键，不知道怎么回事，还有在算《金属中的点缺陷：空位和间隙原子》这个网上下载的算例时，用create_atoms命令增加一个间隙原子后出现了化学键，觉得很奇怪，请教各位，不胜感激！！！
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读书锻炼，修身养性
1楼 2012-07-10 22:25:24
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-11 08:48:22
lyminghao: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-07-11 10:13:46
你是怎么确定有多余的化学键的？
是VMD看的原子间有多余的键？
还是你把原子成键信息用文本输出来，看到有多余的键？


若是前者，不用担心，因为VMD默认两个原子之间的距离小于一定值的时候，就会显示二者成键，即使真是情况是二者没有成键，你需要确认一下。

若是后者，你把多余的成键信息删除即可。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-07-11 07:48:56
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lyminghao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-11 07:48:56
你是怎么确定有多余的化学键的？
是VMD看的原子间有多余的键？
还是你把原子成键信息用文本输出来，看到有多余的键？


若是前者，不用担心，因为VMD默认两个原子之间的距离小于一定值的时候，就会显示二者成键 ...

VMD中显示有多余的化学键，如何在VMD中把它去掉呢？
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读书锻炼，修身养性
3楼2012-07-11 09:44:58
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-07-11 09:55:08
lyminghao: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-07-11 10:13:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by lyminghao at 2012-07-11 09:44:58
VMD中显示有多余的化学键，如何在VMD中把它去掉呢？...

如果你看文本输出的结果中，没有多余的原子成键，在VMD中仅仅显示成键，那可以不用管他。

你建立的lammps的模型，如果建立的模型用PDB PSF文件，你把这两个文件导入到VMD,不城建的原子，离的再近，也不会显示成键。
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4楼2012-07-11 09:49:04
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