应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 为什么在创建原子时有时候会出现多余的键？
51/1返回列表
查看: 1684  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lyminghao

新虫 (小有名气)

[求助] 为什么在创建原子时有时候会出现多余的键？

大家好，我是分子模拟的新手。在练习lammps自带的算例时，运行crack算例和indent算例，原子之间出现多余的化学键，不知道怎么回事，还有在算《金属中的点缺陷：空位和间隙原子》这个网上下载的算例时，用create_atoms命令增加一个间隙原子后出现了化学键，觉得很奇怪，请教各位，不胜感激！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
读书锻炼，修身养性
1楼 2012-07-10 22:25:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lyminghao

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-07-11 07:48:56
你是怎么确定有多余的化学键的？
是VMD看的原子间有多余的键？
还是你把原子成键信息用文本输出来，看到有多余的键？


若是前者，不用担心，因为VMD默认两个原子之间的距离小于一定值的时候，就会显示二者成键 ...

VMD中显示有多余的化学键，如何在VMD中把它去掉呢？
赞一下 回复此楼
读书锻炼，修身养性
3楼2012-07-11 09:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-11 08:48:22
lyminghao: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-07-11 10:13:46
你是怎么确定有多余的化学键的？
是VMD看的原子间有多余的键？
还是你把原子成键信息用文本输出来，看到有多余的键？


若是前者，不用担心，因为VMD默认两个原子之间的距离小于一定值的时候，就会显示二者成键，即使真是情况是二者没有成键，你需要确认一下。

若是后者，你把多余的成键信息删除即可。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-07-11 07:48:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-07-11 09:55:08
lyminghao: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-07-11 10:13:59
引用回帖:
3楼: Originally posted by lyminghao at 2012-07-11 09:44:58
VMD中显示有多余的化学键，如何在VMD中把它去掉呢？...

如果你看文本输出的结果中，没有多余的原子成键，在VMD中仅仅显示成键，那可以不用管他。

你建立的lammps的模型，如果建立的模型用PDB PSF文件，你把这两个文件导入到VMD,不城建的原子，离的再近，也不会显示成键。
赞一下(4人) 回复此楼
4楼2012-07-11 09:49:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 05:03 by LH5NkK5Ud4bh
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 04:47 by LH5NkK5Ud4bh
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:50 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-16 02:35 by DgNGHc3h5tPl
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 6/300 2026-09-16 02:02 by DgNGHc3h5tPl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:59 by zNcEhTcH7ihq
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 20:26 by zNcEhTcH7ihq
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组招收博士研究生 +6 两三岁ss 2026-09-14 6/300 2026-09-15 20:17 by 只吃肉葡萄
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:23 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 17:15 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:34 by VMDqgnlKimtZ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:13 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
[基金申请] 求教各位大神：2026教育部人文社科青年基金项目何时公示呀？ +5 云宴山人 2026-09-10 7/350 2026-09-14 12:11 by ecnu2013
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭