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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求指导：原子力显微镜分子动力学模拟
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雪娃娃2012

新虫 (初入文坛)

[求助] 求指导：原子力显微镜分子动力学模拟

课题研究需要，要做原子力显微镜探针和试样逼近接触的分子动力学模拟（探针一直处于受迫振动状态），暂时学了MS，但是貌似里边不能选择所谓的势函数和算法，是要自己添加什么文件么？还是应该用LAMMPS更合适？刚开始接触分子模拟，什么都不懂，还望高人多多指点，感激不尽~
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啥也不懂~
1楼 2012-07-23 16:36:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-07-24 12:03:41
lammps更灵活一点，建议用lammps做，ms入门快，因为好多东西都是封装好的，能改的很少
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-07-24 09:41:35
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britney137803

至尊木虫 (著名写手)
原子力显微镜还可以分子动力学模拟呢？
哇塞，无知菜鸟一只被震撼到的飘过……
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3楼2012-07-24 11:15:45
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普通回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
3楼: Originally posted by britney137803 at 2012-07-24 11:15:45
原子力显微镜还可以分子动力学模拟呢？
哇塞，无知菜鸟一只被震撼到的飘过……

师姐落伍了吧~哈哈哈~
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4楼2012-07-24 12:03:55
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
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3楼: Originally posted by britney137803 at 2012-07-24 11:15:45
原子力显微镜还可以分子动力学模拟呢？
哇塞，无知菜鸟一只被震撼到的飘过……

原子力显微镜探针和试样，探针
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
5楼2012-07-24 15:14:00
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
雪娃娃2012: 金币+1, ★★★很有帮助, 超级感谢哦 已经找这个文献在看啦~ 2012-07-24 15:54:18
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-07-24 16:41:33
在lammps软件的基础上，分子动力学模拟方法对AFM针尖加工单晶硅进行了研究。
硅内部原子间相互作用力采用Tersoff多体势计算，工件原子和金刚石针尖原子的相互作用力采用Morse对势计算。本文分析了在不同切削深度下系统势能和牛顿层温度变化情况，并对切削力、切屑、侧向流原子跟切削深度的关系进行了系统的研究。

建议你阅读《单晶硅AFM加工过程的分子动力学模拟》文献，肯定对你有帮助～！
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
6楼2012-07-24 15:17:24
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雪娃娃2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-24 09:41:35
lammps更灵活一点，建议用lammps做，ms入门快，因为好多东西都是封装好的，能改的很少

谢谢哦 嘿嘿~
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啥也不懂~
7楼2012-07-24 15:52:55
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雪娃娃2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 御剑江湖 at 2012-07-24 15:17:24
在lammps软件的基础上，分子动力学模拟方法对AFM针尖加工单晶硅进行了研究。
硅内部原子间相互作用力采用Tersoff多体势计算，工件原子和金刚石针尖原子的相互作用力采用Morse对势计算。本文分析了在不同切削深度下 ...

弱弱地问下：LAMMPS是不是必须在linux系统下才运行 听说有windows版的 是不是windows下有些模块的功能实现不了？
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啥也不懂~
8楼2012-07-24 15:58:18
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
★ ★
zh1987hs: 金币+2, thank you 2012-07-24 16:41:54
引用回帖:
8楼: Originally posted by 雪娃娃2012 at 2012-07-24 15:58:18
弱弱地问下：LAMMPS是不是必须在linux系统下才运行 听说有windows版的 是不是windows下有些模块的功能实现不了？...

LAMMPS有windows版本的，这个你不用担心，但是国内很多大型的公布服务器都是linux系统下的，也就是说如果你只是进行实验室范围内的研究，可以用windows版本的lammps，模块不会受影响，因为需要你自己编译代码。
找你老板，买个几万块的工作站，一样能运算～～～
当然个人电脑或者个人笔记本也能，只是配置太低，能算的原子数太少，而且算得时间太慢～～～
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
9楼2012-07-24 16:10:18
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雪娃娃2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 御剑江湖 at 2012-07-24 16:10:18
LAMMPS有windows版本的，这个你不用担心，但是国内很多大型的公布服务器都是linux系统下的，也就是说如果你只是进行实验室范围内的研究，可以用windows版本的lammps，模块不会受影响，因为需要你自己编译代码。
找 ...

嗯嗯 我现在就在实验室自己做做模拟来着 那我先用windows版的吧 指望老板买工作站……还是算了吧~
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啥也不懂~
10楼2012-07-24 16:39:39
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