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河外生命木虫 (小有名气)
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为什么一个原子可以和周围五六个原子有作用？
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各位大神，我在用pymol分析对接结果的时候，用find-polar contacts这个命令显示配体与周围氨基酸存在的相互作用，显示出来一个O原子和周围多达五六个原子有相互作用（如图）？这种情况应该怎么分析、取舍？谢谢指教！ Snap1.jpg |
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河外生命: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-28 18:49:42
河外生命: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-28 18:49:42
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Pymol里面的polar contact的定义，对你或许有帮助！ http://www.mail-archive.com/pymo ... e.net/msg03247.html RE: [PyMOL] polar contact definition Warren DeLano Mon, 23 May 2005 20:36:20 -0700 Sergio, We use the term "polar contacts" because, as you correctly point out, some of the contacts shown don't meet strict hydrogen-bonding criteria. Of course, many macromolecular crystal structures aren't of high enough resolution to make definitive determinations anyway...so... With ideal geometry, PyMOL will show polar contacts out to: set h_bond_cutoff_center, 3.6 With minimally acceptable geometry, PyMOL will show polar contacts out to set h_bond_cutoff_edge, 3.2 These settings can be changed *before* running the detection process (dist command mode=2 or via the menus). Note that the hydrogen bond geometric criteria used in PyMOL was designed to emulate that used by DSSP. Cheers, Warren -- Warren L. DeLano, Ph.D. Principal Scientist . DeLano Scientific LLC . 400 Oyster Point Blvd., Suite 213 . South San Francisco, CA 94080 USA . Biz  650)-872-0942 Tech650)-872-0834 . Fax 650)-872-0273 Cell650)-346-1154. mailto:war...@delsci.com > -----Original Message----- > From: pymol-users-ad...@lists.sourceforge.net > [ mailto:pymol-users-ad...@lists.sourceforge.net ] On Behalf Of > Sergio E. Wong > Sent: Monday, May 23, 2005 7:13 PM > To: pymol-users@lists.sourceforge.net > Subject: [PyMOL] polar contact definition > > Dear Pymol users: > > I'm using pymol to find "polar contacts". I'm wondering > what is the > definition of a "polar contact". Some of the distances are > longer than > expected for a hydrogen bond. So, I'm left wondering what is > the distance cut off employed. > > Thanks > > -Sergio |
5楼2013-01-28 18:28:54
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