| 查看: 2093 | 回复: 7 | |||
河外生命木虫 (小有名气)
|
[求助]
为什么一个原子可以和周围五六个原子有作用？
|
各位大神，我在用pymol分析对接结果的时候，用find-polar contacts这个命令显示配体与周围氨基酸存在的相互作用，显示出来一个O原子和周围多达五六个原子有相互作用（如图）？这种情况应该怎么分析、取舍？谢谢指教！ Snap1.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 VMD 软件 |
» 猜你喜欢
什么时候开奖？
已经有11人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有6人回复
-
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有14人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一个薄膜体系中掺杂一个磁性原子，不考虑磁性原子之间相互作用时如何优化结构？？
已经有13人回复
- 请教个关于分子模拟或者说理论计算的问题
已经有10人回复
- 如何在MS的模型中的晶胞一个棱上（只有一个原子）掺杂替代这个原子
已经有13人回复
- 【请教】如何确定在物质从一种结构变到它的同分异构体过程中，某个原子所感受到的势场
已经有4人回复
- 请问能用DFT方法计算一个体系中原子由于所处位置不同而势能不同，能输出原子势能吗
已经有4人回复
- 一维无限长原子链哈密顿矩阵怎么表示？
已经有6人回复
- 为什么优化之后CONTCAR中少一个原子
已经有4人回复
- G09中计算AIM计算过渡金属原子和氢原子间作用的问题
已经有7人回复
- 金属Pt和C，O，H，原子的之间的相互作用用什么势来描述？
已经有4人回复
- [求助完毕]单原子掺杂金属氧化物，不同位置氧空位形成能不一样，这是为什么呢？
已经有10人回复
- 两个表面之间作用能或原子吸附能的计算疑惑
已经有9人回复
- 用Siesta进行掺杂后的结构优化时，为什么作用在每个原子上的力是振荡的？
已经有5人回复
- 为什么同一碳原子上的两氢原子不发生耦合作用？
已经有17人回复
- 从光与物质相互作用的角度，如何解释光的折射？（原子对光的散射与原子对光的折射有什
已经有17人回复
- 【请教】晶体解析时,重原子周围的Q峰小到什么程度可以删掉,不删的如何指认是什么原子�
已经有16人回复
- 【求助】谁能具体说一下各个基组的优缺点
已经有5人回复
- 【讨论】一个氢原子能不能生成两个氢键
已经有3人回复
- 【求助】有没有一种催化剂，能使氢原子合成氢分子
已经有9人回复
songyunlong
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1060
- 散金: 100
- 红花: 4
- 帖子: 236
- 在线: 190小时
- 虫号: 41868
- 注册: 2004-03-08
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
2楼2013-01-28 10:44:39
河外生命
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2413.5
- 红花: 1
- 帖子: 61
- 在线: 103.6小时
- 虫号: 671980
- 注册: 2008-12-10
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
3楼2013-01-28 11:07:34
河外生命
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2413.5
- 红花: 1
- 帖子: 61
- 在线: 103.6小时
- 虫号: 671980
- 注册: 2008-12-10
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
4楼2013-01-28 14:52:41
songyunlong
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1060
- 散金: 100
- 红花: 4
- 帖子: 236
- 在线: 190小时
- 虫号: 41868
- 注册: 2004-03-08
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-28 18:49:42
河外生命: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-28 18:49:42
|
Pymol里面的polar contact的定义，对你或许有帮助！ http://www.mail-archive.com/pymo ... e.net/msg03247.html RE: [PyMOL] polar contact definition Warren DeLano Mon, 23 May 2005 20:36:20 -0700 Sergio, We use the term "polar contacts" because, as you correctly point out, some of the contacts shown don't meet strict hydrogen-bonding criteria. Of course, many macromolecular crystal structures aren't of high enough resolution to make definitive determinations anyway...so... With ideal geometry, PyMOL will show polar contacts out to: set h_bond_cutoff_center, 3.6 With minimally acceptable geometry, PyMOL will show polar contacts out to set h_bond_cutoff_edge, 3.2 These settings can be changed *before* running the detection process (dist command mode=2 or via the menus). Note that the hydrogen bond geometric criteria used in PyMOL was designed to emulate that used by DSSP. Cheers, Warren -- Warren L. DeLano, Ph.D. Principal Scientist . DeLano Scientific LLC . 400 Oyster Point Blvd., Suite 213 . South San Francisco, CA 94080 USA . Biz  650)-872-0942 Tech650)-872-0834 . Fax 650)-872-0273 Cell650)-346-1154. mailto:war...@delsci.com > -----Original Message----- > From: pymol-users-ad...@lists.sourceforge.net > [ mailto:pymol-users-ad...@lists.sourceforge.net ] On Behalf Of > Sergio E. Wong > Sent: Monday, May 23, 2005 7:13 PM > To: pymol-users@lists.sourceforge.net > Subject: [PyMOL] polar contact definition > > Dear Pymol users: > > I'm using pymol to find "polar contacts". I'm wondering > what is the > definition of a "polar contact". Some of the distances are > longer than > expected for a hydrogen bond. So, I'm left wondering what is > the distance cut off employed. > > Thanks > > -Sergio |
5楼2013-01-28 18:28:54
songyunlong
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1060
- 散金: 100
- 红花: 4
- 帖子: 236
- 在线: 190小时
- 虫号: 41868
- 注册: 2004-03-08
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
6楼2013-01-28 18:30:11
河外生命
木虫 (小有名气)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2413.5
- 红花: 1
- 帖子: 61
- 在线: 103.6小时
- 虫号: 671980
- 注册: 2008-12-10
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
7楼2013-01-28 18:49:24
songyunlong
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1060
- 散金: 100
- 红花: 4
- 帖子: 236
- 在线: 190小时
- 虫号: 41868
- 注册: 2004-03-08
- 性别: GG
- 专业: 药物化学
8楼2013-01-29 02:01:19
40