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河外生命

木虫 (小有名气)

[求助] 为什么一个原子可以和周围五六个原子有作用？

各位大神，我在用pymol分析对接结果的时候，用find-polar contacts这个命令显示配体与周围氨基酸存在的相互作用，显示出来一个O原子和周围多达五六个原子有相互作用（如图）？这种情况应该怎么分析、取舍？谢谢指教！

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事在人为
1楼2013-01-27 21:12:48
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songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-01-28 14:09:19
本来就应该是有多个作用的啊。。。。。。。。。。。。。。。
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为了人类美好的明天！！
2楼2013-01-28 10:44:39
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河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by songyunlong at 2013-01-28 10:44:39
本来就应该是有多个作用的啊。。。。。。。。。。。。。。。

谢谢您的回复，我的意思是说这种作用是什么？如果是氢键的话不应该产生这么多的氢键吧？红色的是氧原子，你看氧原子和氧原子之间也有相互作用的虚线，应该怎样分析呢？谢谢赐教。
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事在人为
3楼2013-01-28 11:07:34
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河外生命

木虫 (小有名气)
请大家关注，一个氧原子可以和周围很多的氢形成氢键吗？对化学了解不多，请大神指点。另外请看这幅图，中间的一个虚线穿过了两个环与氧有作用，究竟该怎样解释？盼望大家的回复，谢谢！

Snap2.jpg
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事在人为
4楼2013-01-28 14:52:41
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songyunlong

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
河外生命: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-28 18:49:42
Pymol里面的polar contact的定义，对你或许有帮助！
http://www.mail-archive.com/pymo ... e.net/msg03247.html

RE: [PyMOL] polar contact definition

Warren DeLano Mon, 23 May 2005 20:36:20 -0700

  Sergio,

We use the term "polar contacts" because, as you correctly point out, some
of the contacts shown don't meet strict hydrogen-bonding criteria.  Of
course, many macromolecular crystal structures aren't of high enough
resolution to make definitive determinations anyway...so...
With ideal geometry, PyMOL will show polar contacts out to:

set h_bond_cutoff_center, 3.6

With minimally acceptable geometry, PyMOL will show polar contacts out to

set h_bond_cutoff_edge, 3.2

These settings can be changed *before* running the detection process (dist
command mode=2 or via the menus).

Note that the hydrogen bond geometric criteria used in PyMOL was designed to
emulate that used by DSSP.

Cheers,
Warren

--
Warren L. DeLano, Ph.D.                     
Principal Scientist

.  DeLano Scientific LLC  
.  400 Oyster Point Blvd., Suite 213           
.  South San Francisco, CA 94080 USA   
.  Biz650)-872-0942 Tech650)-872-0834     
.  Fax650)-872-0273 Cell650)-346-1154
. mailto:war...@delsci.com      


> -----Original Message-----
> From: pymol-users-ad...@lists.sourceforge.net
> [ mailto:pymol-users-ad...@lists.sourceforge.net ] On Behalf Of
> Sergio E. Wong
> Sent: Monday, May 23, 2005 7:13 PM
> To: pymol-users@lists.sourceforge.net
> Subject: [PyMOL] polar contact definition
>
> Dear Pymol users:
>
> I'm using pymol to find "polar contacts".  I'm wondering
> what is the
> definition of a "polar contact".  Some of the distances are
> longer than
> expected for a hydrogen bond.  So, I'm left wondering what is
> the distance cut off employed.
>
> Thanks
>
> -Sergio
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为了人类美好的明天！！
5楼2013-01-28 18:28:54
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songyunlong

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 河外生命 at 2013-01-28 14:52:41
请大家关注，一个氧原子可以和周围很多的氢形成氢键吗？对化学了解不多，请大神指点。另外请看这幅图，中间的一个虚线穿过了两个环与氧有作用，究竟该怎样解释？盼望大家的回复，谢谢！

Snap2.jpg
...

中间的这个虚线，可能是两个，你不妨从立体的角度看看，平面的会有误解。。。
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为了人类美好的明天！！
6楼2013-01-28 18:30:11
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河外生命

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by songyunlong at 2013-01-28 18:28:54
Pymol里面的polar contact的定义，对你或许有帮助！
http://www.mail-archive.com/pymol-users@lists.sourceforge.net/msg03247.html

RE:  polar contact definition

Warren DeLano Mon, 23 May 2005 20:36 ...

非常感谢您的帮助！
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事在人为
7楼2013-01-28 18:49:24
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songyunlong

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 河外生命 at 2013-01-28 18:49:24
非常感谢您的帮助！...

谢谢！发财了！
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为了人类美好的明天！！
8楼2013-01-29 02:01:19
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