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xuelin1987

铜虫 (小有名气)

[求助] PCR退火温度的确定

各位,我做分子是新手,这两天在做目的引物的退火温度梯度试验,就是确定引物的最佳退火温度,我P出来后的电泳图见附件,我想问的是:在引物2那个图中,我用的是同一个引物,同一个样品模板,为什么P了以后产物不在一条直线上?而是倾斜的?是不是没有P出来啊?还是操作问题?还有就是如果P出来了,那亮度我感觉都差不多,我要选哪个温度作为退火温度啊?是不是我选的温度差距有点小,所以P出来后条带亮度差异不大?呵呵,问题有点多哈,请各位大侠帮帮忙,大恩不言谢啊!
PCR退火温度的确定
引物2温度梯度试验.JPG.JPG
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循序渐进,不懂就问
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ykluuniu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xuelin1987: 金币+1 2013-08-21 15:48:52
首先,跟Marker对比,以确定哪个温度能够扩出你的目的基因。
你的引物多长?你的目的基因多大?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2013-08-18 13:52:35
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ykluuniu

金虫 (小有名气)

条带斜,没关系,只要你把胶放好,不是你认为造成的就可以。不同的退火温度,扩出来的就有可能不一样的大小啊。如果是高保真酶,差别可能大一些,而普通的Taq酶,差别就没那么大。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2013-08-18 13:56:39
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15879003030

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流! 2013-08-18 16:36:53
xuelin1987: 金币+3 2013-08-21 15:52:26
楼主你仔细看你不觉得marker本身也有点歪么? 说明是跑电泳的问题不是产物大小不一样。可能电泳槽左右两边电压大小不平衡。具体一点可能是有杂物或者铂金丝歪了。
4楼2013-08-18 15:43:45
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xuelin1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ykluuniu at 2013-08-18 13:52:35
首先,跟Marker对比,以确定哪个温度能够扩出你的目的基因。
你的引物多长?你的目的基因多大?

我的引物是203bp。
循序渐进,不懂就问
5楼2013-08-21 15:50:34
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xuelin1987

铜虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by ykluuniu at 2013-08-18 13:56:39
条带斜,没关系,只要你把胶放好,不是你认为造成的就可以。不同的退火温度,扩出来的就有可能不一样的大小啊。如果是高保真酶,差别可能大一些,而普通的Taq酶,差别就没那么大。
...

哦,好的,我知道了,谢谢!
循序渐进,不懂就问
6楼2013-08-21 15:51:29
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xuelin1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 15879003030 at 2013-08-18 15:43:45
楼主你仔细看你不觉得marker本身也有点歪么? 说明是跑电泳的问题不是产物大小不一样。可能电泳槽左右两边电压大小不平衡。具体一点可能是有杂物或者铂金丝歪了。

好的,我又做了一遍没有斜了,呵呵,估计是我放歪了!谢谢啊!
循序渐进,不懂就问
7楼2013-08-21 15:53:19
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阿贾阿贾

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

一个小建议:以后跑胶时,两端都点上marker,就可以看出是跑胶的问题还是产物的问题了。
8楼2013-12-08 10:31:46
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