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曾鹏

银虫 (正式写手)

[求助] 新手，在分子设计中遇到的一系列问题，求助

问题一：
  在.pdb文件中采用chimera 1.8除去了水，氯离子，和受体中的药，再点击ligand时居然还有一个GLY 2000被选定，我在想这个氨基酸ligang是哪里来的，要不要删除。据观察，此氨基酸与酶中某一残基以氢键相连，与药物之间没有氢键，可否要将其删除之，才能得到受体.pdb？
问题二:
  在药物中分离出羧基供ligbuilder GROW的种子文件时，分离后点击name还是原来药物的名字，C的标号也是原来药物中标号。是否要将其表号变为羧基本身的标号？另外在药物中并没有H，是否要加H后才是羧基？另外，将pdb格式转换为mol2格式时怎样标记好生长点，得到“种子”文件，请问用openbabel怎样标记生长点？
问题三：
  有人能详细的将将LigBuilderV2的安装和使用方法吗?我对Linux系统不熟悉，感觉难度比较大。
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1楼 2013-08-12 14:11:23
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jianchen7882

金虫 (小有名气)
楼主要是还在弄ligbuilderV2，而且还没弄出来的话，可以联系我，我也是新手，目前也在弄这个软件
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莫问前程有归，但求今生无悔
2楼2013-11-28 13:49:17
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