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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

[求助] 提取的基因组DNA 电泳图异常

对近期提取的基因组DNA进行琼脂糖凝胶电泳时,发现胶图异常,如下图:
从左到右分别为Marker,gDNA-300ng、gDNA-500ng、gDNA-1000ng.DNA定量的结果都正常,不含有蛋白及RNA(260/280=1.78,260/230=2.3)大家帮忙分析下,电泳怎么跑成这样了?分析过是不是电泳缓冲液出了问题,更换了电泳缓冲液也是跑成这样,但应该不是缓冲液的原因,因为跑其他样品,条带都正常。
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longrna

新虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-08 16:36:04
gyesang: 回帖置顶 2013-08-08 16:36:07
正常。
建议改进:
1、配0.6或0.8%的胶,注意凝胶的时候久一点。
2、上样量减少!不用上1ug那么多,只需要上100-200ng甚至只需50ng即可。
3、低电压 5V/cm电泳1-2小时。
伟大航线....
5楼2013-08-08 15:43:04
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普通回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可能样品中含有较多的盐。
2楼2013-08-08 11:38:22
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54808455

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuxiuaza: 金币+2 2013-08-08 17:25:44
是什么的gDNA?沉淀时,是不是像胶状物(粘粘的样子)?如果是这种情况,应该是含有较多的多糖。
3楼2013-08-08 13:04:58
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wenzi6337

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2013-09-30 22:26:43
检测基因组DNA可以用低浓度琼脂糖胶,Marker也不是太清晰。
4楼2013-08-08 15:05:36
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by longrna at 2013-08-08 15:43:04
正常。
建议改进:
1、配0.6或0.8%的胶,注意凝胶的时候久一点。
2、上样量减少!不用上1ug那么多,只需要上100-200ng甚至只需50ng即可。
3、低电压 5V/cm电泳1-2小时。

可是之前上样量那么大,跑出来的胶只有一条带,很漂亮,现在跑成这样,我怀疑是样品或者跑胶的时候出现了问题。
6楼2013-08-08 17:23:35
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-08-08 11:38:22
可能样品中含有较多的盐。

应该没有那么多的盐,因为我用nanodrop定量结果,260/230为2.33,盐离子正常啊
7楼2013-08-08 17:24:35
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 54808455 at 2013-08-08 13:04:58
是什么的gDNA?沉淀时,是不是像胶状物(粘粘的样子)?如果是这种情况,应该是含有较多的多糖。

是293T细胞的基因组DNA,乙醇沉淀再溶解时,是会有胶状物,粘粘的,感觉老吹不开一样,这个怎么除去啊?
8楼2013-08-08 17:25:40
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wenzi6337 at 2013-08-08 15:05:36
检测基因组DNA可以用低浓度琼脂糖胶,Marker也不是太清晰。

嗯,可能是拍照的时候,焦距没有调好,结果不好,也懒得调了。
9楼2013-08-08 17:26:33
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longrna

新虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-30 22:26:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuxiuaza at 2013-08-08 17:23:35
可是之前上样量那么大,跑出来的胶只有一条带,很漂亮,现在跑成这样,我怀疑是样品或者跑胶的时候出现了问题。...

有时候gDNA溶解不充分,而上样量大的情况下就容易跑成这样。
毕竟gDNA比较大,长又粘稠没跑开的样子就跑成那样。如果要跑成一条带那只能减少上样量或使用大孔的胶。
伟大航线....
10楼2013-08-09 10:55:05
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