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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 提取的基因组DNA 电泳图异常
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)

[求助] 提取的基因组DNA 电泳图异常

对近期提取的基因组DNA进行琼脂糖凝胶电泳时，发现胶图异常，如下图：
从左到右分别为Marker，gDNA-300ng、gDNA-500ng、gDNA-1000ng.DNA定量的结果都正常，不含有蛋白及RNA（260/280=1.78，260/230=2.3）大家帮忙分析下，电泳怎么跑成这样了？分析过是不是电泳缓冲液出了问题，更换了电泳缓冲液也是跑成这样，但应该不是缓冲液的原因，因为跑其他样品，条带都正常。
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    • 2013-08-07 17:44:29, 121.09 K

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1楼 2013-08-07 17:44:34
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可能样品中含有较多的盐。
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2楼2013-08-08 11:38:22
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54808455

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liuxiuaza: 金币+2 2013-08-08 17:25:44
是什么的gDNA？沉淀时，是不是像胶状物（粘粘的样子）？如果是这种情况，应该是含有较多的多糖。
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3楼2013-08-08 13:04:58
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wenzi6337

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-09-30 22:26:43
检测基因组DNA可以用低浓度琼脂糖胶，Marker也不是太清晰。
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4楼2013-08-08 15:05:36
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longrna

新虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-08 16:36:04
gyesang: 回帖置顶 2013-08-08 16:36:07
正常。
建议改进：
1、配0.6或0.8%的胶，注意凝胶的时候久一点。
2、上样量减少！不用上1ug那么多，只需要上100-200ng甚至只需50ng即可。
3、低电压 5V/cm电泳1-2小时。
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伟大航线....
5楼2013-08-08 15:43:04
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by longrna at 2013-08-08 15:43:04
正常。
建议改进：
1、配0.6或0.8%的胶，注意凝胶的时候久一点。
2、上样量减少！不用上1ug那么多，只需要上100-200ng甚至只需50ng即可。
3、低电压 5V/cm电泳1-2小时。

可是之前上样量那么大，跑出来的胶只有一条带，很漂亮，现在跑成这样，我怀疑是样品或者跑胶的时候出现了问题。
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6楼2013-08-08 17:23:35
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-08-08 11:38:22
可能样品中含有较多的盐。

应该没有那么多的盐，因为我用nanodrop定量结果，260/230为2.33，盐离子正常啊
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7楼2013-08-08 17:24:35
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 54808455 at 2013-08-08 13:04:58
是什么的gDNA？沉淀时，是不是像胶状物（粘粘的样子）？如果是这种情况，应该是含有较多的多糖。

是293T细胞的基因组DNA，乙醇沉淀再溶解时，是会有胶状物，粘粘的，感觉老吹不开一样，这个怎么除去啊？
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8楼2013-08-08 17:25:40
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liuxiuaza

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wenzi6337 at 2013-08-08 15:05:36
检测基因组DNA可以用低浓度琼脂糖胶，Marker也不是太清晰。

嗯，可能是拍照的时候，焦距没有调好，结果不好，也懒得调了。
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9楼2013-08-08 17:26:33
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longrna

新虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-30 22:26:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuxiuaza at 2013-08-08 17:23:35
可是之前上样量那么大，跑出来的胶只有一条带，很漂亮，现在跑成这样，我怀疑是样品或者跑胶的时候出现了问题。...

有时候gDNA溶解不充分，而上样量大的情况下就容易跑成这样。
毕竟gDNA比较大，长又粘稠没跑开的样子就跑成那样。如果要跑成一条带那只能减少上样量或使用大孔的胶。
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伟大航线....
10楼2013-08-09 10:55:05
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