| 查看: 2761 | 回复: 15 | |||
[求助]
用16S测序鉴定单一菌株的困惑
|
|||
|
从环境样品里面富集到的菌，用通用引物做了16S全长（1440bp）的PCR，然后做克隆文库以后送给公司测序，公司返回来的序列有20多条，都比较接近，但不是100%相同（看文献报道中似乎要求所有序列100%相同才能下所得到的菌为单株菌的结论）。不过我的序列两两之间相似度最低也有99.7%，即有1440多个碱基中有4个碱基突变。 有经验的高手帮看看这到底是因为富集体系中存在着多株菌？还是说是因为在实验过程中引入了突变？还是送给公司测序本来就存在误差？ 注：因为本人富集的是一株自养菌，文献报道都是用液体培养基富集的，因此用平板划线法进行分离单株菌的方法不太可行。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 伦伦天马行空 |
» 猜你喜欢
293求调剂
已经有12人回复
-
070300化学319求调剂
已经有4人回复
-
268求调剂
已经有9人回复
-
301求调剂
已经有4人回复
-
0703化学336分求调剂
已经有5人回复
-
301求调剂
已经有4人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有9人回复
-
304求调剂
已经有8人回复
-
材料工程专硕调剂
已经有5人回复
-
344求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎样使用显微镜观察、鉴定所得的纯化菌种是否为单一菌种
已经有10人回复
- 如何通过16SrDNA鉴定菌种
已经有16人回复
- 请教：16S RDNA克隆文库与宏基因组测序的区别？
已经有5人回复
- 保加利亚乳杆菌
已经有10人回复
- 16S rRNA序列测定后如何查询菌的种属
已经有12人回复
- 16S rDNA测序问题
已经有21人回复
- 高通量测序 16S
已经有6人回复
- 如何鉴定一个新分离纯化获得的菌株的分类地位？
已经有13人回复
- 请教5.8s 16s 18s 26s 28s分别指什么？
已经有9人回复
- 关于菌株16SrDNA序列鉴定的问题
已经有4人回复
- 细菌鉴定--blast后一定要再到Genbank中检索才能确定什么菌，得到accession number吗？
已经有12人回复
- 菌株16S rDNA同源性分析方法！！
已经有5人回复
- 做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法！！
已经有18人回复
- 细菌16s pcr原液测序问题
已经有7人回复
- 16S rDNA测序问题
已经有3人回复
- 【求助/交流】如何从GENBANK上查询菌株的的Acession No
已经有5人回复
- 【求助/交流】哪里可以做细菌菌种鉴定？
已经有16人回复
- 【求助/交流】16S rDNA测序 系统发育树构建 急！！！
已经有6人回复
- 【原创】16S rRNA鉴定
已经有10人回复
- 【求助/交流】标准菌株16s序列怎么在ncbi中查询
已经有9人回复
wangfei179
木虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 374.1
- 散金: 2090
- 红花: 7
- 帖子: 95
- 在线: 88小时
- 虫号: 1789825
- 注册: 2012-05-01
- 专业: 环境微生物学
3楼2013-07-22 10:42:12
wangfei179
木虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 374.1
- 散金: 2090
- 红花: 7
- 帖子: 95
- 在线: 88小时
- 虫号: 1789825
- 注册: 2012-05-01
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
|
乱码，已编辑掉 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] [ Last edited by zhang8826857 on 2013-7-23 at 17:06 ] |
2楼2013-07-22 10:35:51
4楼2013-07-22 14:30:41
见神一笑
木虫 (著名写手)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 4301.8
- 散金: 2000
- 红花: 6
- 帖子: 1083
- 在线: 118.3小时
- 虫号: 648935
- 注册: 2008-11-08
- 专业: 生物信息学
5楼2013-07-24 09:21:22
见神一笑
木虫 (著名写手)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 4301.8
- 散金: 2000
- 红花: 6
- 帖子: 1083
- 在线: 118.3小时
- 虫号: 648935
- 注册: 2008-11-08
- 专业: 生物信息学
6楼2013-07-24 09:23:15
大工小军
金虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 1183.1
- 散金: 806
- 红花: 1
- 帖子: 142
- 在线: 175.1小时
- 虫号: 1402008
- 注册: 2011-09-14
- 性别: GG
- 专业: 污染控制化学
7楼2013-07-25 08:33:59
8楼2013-07-29 13:38:42
9楼2013-07-29 13:40:21
hkqgeoffrey
金虫 (小有名气)
- 应助: 58 (初中生)
- 金币: 1351.4
- 散金: 3
- 红花: 2
- 帖子: 135
- 在线: 45.4小时
- 虫号: 2546967
- 注册: 2013-07-15
- 性别: GG
- 专业: 病毒学
10楼2013-07-30 12:55:42
