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用16S测序鉴定单一菌株的困惑
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从环境样品里面富集到的菌，用通用引物做了16S全长（1440bp）的PCR，然后做克隆文库以后送给公司测序，公司返回来的序列有20多条，都比较接近，但不是100%相同（看文献报道中似乎要求所有序列100%相同才能下所得到的菌为单株菌的结论）。不过我的序列两两之间相似度最低也有99.7%，即有1440多个碱基中有4个碱基突变。 有经验的高手帮看看这到底是因为富集体系中存在着多株菌？还是说是因为在实验过程中引入了突变？还是送给公司测序本来就存在误差？ 注：因为本人富集的是一株自养菌，文献报道都是用液体培养基富集的，因此用平板划线法进行分离单株菌的方法不太可行。 |
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 伦伦天马行空 |
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【答案】应助回帖
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zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
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乱码，已编辑掉 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] [ Last edited by zhang8826857 on 2013-7-23 at 17:06 ] |
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