应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
51/1返回列表
查看: 3253  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 用16S测序鉴定单一菌株的困惑

从环境样品里面富集到的菌，用通用引物做了16S全长（1440bp）的PCR，然后做克隆文库以后送给公司测序，公司返回来的序列有20多条，都比较接近，但不是100%相同（看文献报道中似乎要求所有序列100%相同才能下所得到的菌为单株菌的结论）。不过我的序列两两之间相似度最低也有99.7%，即有1440多个碱基中有4个碱基突变。
有经验的高手帮看看这到底是因为富集体系中存在着多株菌？还是说是因为在实验过程中引入了突变？还是送给公司测序本来就存在误差？
注：因为本人富集的是一株自养菌，文献报道都是用液体培养基富集的，因此用平板划线法进行分离单株菌的方法不太可行。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

伦伦天马行空

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-21 23:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

16S方法中同源性>=97%,通过构建系统同源进化树位于同枝，数值 >73  ，采用NJ或ML两种以上方法进化树稳定就可以基本判定同种了，如果不放心可以再通过生理生化或其他方法辅助鉴定
赞一下 回复此楼
兴趣是第一导师，我爱它，因此我毫无疲倦的探索
10楼2013-07-30 12:55:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
乱码，已编辑掉

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by zhang8826857 on 2013-7-23 at 17:06 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-22 10:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不含有机质，琼脂应先用稀酸处理24小时。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-07-22 10:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei179 at 2013-07-22 10:42:12
首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不 ...

谢谢，高保真酶有什么推荐的吗？
另外，我是PCR以后切胶回收，再连接到T-easy载体上，切胶这步会不会引入突变啊？我听说在紫外会有影响，但不知道是不是可信。
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-22 14:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +11 羊腰板 2026-08-21 11/550 2026-08-22 22:03 by lsbin3733
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭