应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2801  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 用16S测序鉴定单一菌株的困惑

从环境样品里面富集到的菌，用通用引物做了16S全长（1440bp）的PCR，然后做克隆文库以后送给公司测序，公司返回来的序列有20多条，都比较接近，但不是100%相同（看文献报道中似乎要求所有序列100%相同才能下所得到的菌为单株菌的结论）。不过我的序列两两之间相似度最低也有99.7%，即有1440多个碱基中有4个碱基突变。
有经验的高手帮看看这到底是因为富集体系中存在着多株菌？还是说是因为在实验过程中引入了突变？还是送给公司测序本来就存在误差？
注：因为本人富集的是一株自养菌，文献报道都是用液体培养基富集的，因此用平板划线法进行分离单株菌的方法不太可行。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

伦伦天马行空

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-21 23:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

16S方法中同源性>=97%,通过构建系统同源进化树位于同枝，数值 >73  ，采用NJ或ML两种以上方法进化树稳定就可以基本判定同种了，如果不放心可以再通过生理生化或其他方法辅助鉴定
赞一下 回复此楼
兴趣是第一导师，我爱它，因此我毫无疲倦的探索
10楼2013-07-30 12:55:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
乱码，已编辑掉

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by zhang8826857 on 2013-7-23 at 17:06 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-22 10:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不含有机质，琼脂应先用稀酸处理24小时。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-07-22 10:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei179 at 2013-07-22 10:42:12
首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不 ...

谢谢，高保真酶有什么推荐的吗？
另外，我是PCR以后切胶回收，再连接到T-easy载体上，切胶这步会不会引入突变啊？我听说在紫外会有影响，但不知道是不是可信。
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-22 14:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +7 脚滑的守法公民 2026-03-27 7/350 2026-03-29 20:21 by dophin1985
[考研] 南京大学化学调剂 +7 景随风 2026-03-29 10/500 2026-03-29 20:03 by 啊李999
[考研] 375求调剂 +4 雨夏整夜 2026-03-29 4/200 2026-03-29 12:09 by 无际的草原
[考研] 329求调剂 +7 星野? 2026-03-26 7/350 2026-03-29 06:43 by 544594351
[考研] 071000生物学求调剂，初试成绩343 +7 小小甜面团 2026-03-25 7/350 2026-03-28 20:25 by 唐沐儿
[考研] 322求调剂 +5 旧吢 2026-03-24 5/250 2026-03-28 13:26 by Iveryant
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[考研] 291求调剂 +6 HanBeiNingZC 2026-03-24 6/300 2026-03-28 07:55 by baoball
[考研] 295求调剂 +5 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 04:04 by fmesaito
[考研] 化学308分求调剂 +8 你好明天你好 2026-03-23 9/450 2026-03-27 14:01 by 杨光于青云
[考研] 298调剂 +3 jiyingjie123 2026-03-27 3/150 2026-03-27 11:57 by wxiongid
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +4 @taotao 2026-03-26 5/250 2026-03-27 08:10 by hypershenger
[考研] 321求调剂 +6 Ymlll 2026-03-24 6/300 2026-03-26 20:50 by 不吃魚的貓
[考研] 生物学 296 求调剂 +4 朵朵- 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:01 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 086003食品工程求调剂 +6 淼淼111 2026-03-24 6/300 2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 335求调剂 +4 yuyu宇 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:49 by Txy@872106
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭