应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 2797  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 用16S测序鉴定单一菌株的困惑

从环境样品里面富集到的菌，用通用引物做了16S全长（1440bp）的PCR，然后做克隆文库以后送给公司测序，公司返回来的序列有20多条，都比较接近，但不是100%相同（看文献报道中似乎要求所有序列100%相同才能下所得到的菌为单株菌的结论）。不过我的序列两两之间相似度最低也有99.7%，即有1440多个碱基中有4个碱基突变。
有经验的高手帮看看这到底是因为富集体系中存在着多株菌？还是说是因为在实验过程中引入了突变？还是送给公司测序本来就存在误差？
注：因为本人富集的是一株自养菌，文献报道都是用液体培养基富集的，因此用平板划线法进行分离单株菌的方法不太可行。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

伦伦天马行空

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-21 23:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不含有机质，琼脂应先用稀酸处理24小时。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-07-22 10:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
乱码，已编辑掉

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by zhang8826857 on 2013-7-23 at 17:06 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-22 10:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei179 at 2013-07-22 10:42:12
首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不 ...

谢谢，高保真酶有什么推荐的吗？
另外，我是PCR以后切胶回收，再连接到T-easy载体上，切胶这步会不会引入突变啊？我听说在紫外会有影响，但不知道是不是可信。
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-22 14:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei179 at 2013-07-22 10:42:12
首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不 ...

自养菌划线是很难得到单菌落的，只能用液体富集筛选，或者涂布
赞一下 回复此楼
好好努力
5楼2013-07-24 09:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +3 hanamiko 2026-03-29 3/150 2026-03-29 14:17 by 无际的草原
[考研] 一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研经历 +6 cccchenso 2026-03-29 6/300 2026-03-29 13:11 by mumin1990
[基金申请] 面上5B能上会吗？ +3 redcom 2026-03-29 3/150 2026-03-29 12:03 by god_tian
[考研] 348求调剂 +5 小懒虫不懒了 2026-03-28 5/250 2026-03-29 10:34 by 唐沐儿
[考研] 0703 化学 求调剂，一志愿山东大学 342 分 +4 Shern—- 2026-03-28 4/200 2026-03-29 00:47 by 544594351
[考研] 数一英一271专硕（085401）求调剂，可跨 +7 前行必有光 2026-03-28 8/400 2026-03-28 23:22 by 小木虫tim
[考研] 295求调剂 +4 wei-5 2026-03-26 4/200 2026-03-28 23:20 by 小木虫tim
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 材料与化工272求调剂 +9 阿斯蒂芬2004 2026-03-28 9/450 2026-03-28 15:21 by 1018329917
[考研] 311求调剂 +9 lin0039 2026-03-26 9/450 2026-03-28 13:05 by 唐沐儿
[考研] 277跪求调剂 +5 1915668 2026-03-27 9/450 2026-03-28 09:58 by zhshch
[考研] 张芳铭-中国农业大学-环境工程专硕-298 +4 手机用户 2026-03-26 4/200 2026-03-28 07:17 by mmm just
[考研] 材料调剂 +8 匹克i 2026-03-23 8/400 2026-03-27 08:11 by hypershenger
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +4 小鱼爱有机 2026-03-25 4/200 2026-03-26 10:19 by aa331100
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 材料考研调剂生 +3 黄粱一梦千年 2026-03-24 3/150 2026-03-24 17:00 by barlinike
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭