应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 用16S测序鉴定单一菌株的困惑
51/1返回列表
查看: 2764  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

[求助] 用16S测序鉴定单一菌株的困惑

从环境样品里面富集到的菌，用通用引物做了16S全长（1440bp）的PCR，然后做克隆文库以后送给公司测序，公司返回来的序列有20多条，都比较接近，但不是100%相同（看文献报道中似乎要求所有序列100%相同才能下所得到的菌为单株菌的结论）。不过我的序列两两之间相似度最低也有99.7%，即有1440多个碱基中有4个碱基突变。
有经验的高手帮看看这到底是因为富集体系中存在着多株菌？还是说是因为在实验过程中引入了突变？还是送给公司测序本来就存在误差？
注：因为本人富集的是一株自养菌，文献报道都是用液体培养基富集的，因此用平板划线法进行分离单株菌的方法不太可行。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

伦伦天马行空

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-21 23:38:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei179 at 2013-07-22 10:42:12
首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不 ...

谢谢，高保真酶有什么推荐的吗？
另外，我是PCR以后切胶回收，再连接到T-easy载体上，切胶这步会不会引入突变啊？我听说在紫外会有影响，但不知道是不是可信。
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-22 14:30:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zhang8826857: 发表的回复是乱码，可能是手机回复显示的问题吧，版主帮忙给你删除了啊 2013-07-23 17:06:30
zhang8826857: 编辑内容 2013-07-23 17:06
乱码，已编辑掉

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

[ Last edited by zhang8826857 on 2013-7-23 at 17:06 ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-22 10:35:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangfei179

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不含有机质，琼脂应先用稀酸处理24小时。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-07-22 10:42:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangfei179 at 2013-07-22 10:42:12
首先，通过液体培养基富集而不经单菌落划线，富集液中是不可能得到单菌的，因此PCR结果肯定是菌群16S；其次，PCR扩增时为减少误差最好用高保真酶。另外，文库建好后先做个酶切分型再测序。PS：自养菌平板培养要求不 ...

自养菌划线是很难得到单菌落的，只能用液体富集筛选，或者涂布
赞一下 回复此楼
好好努力
5楼2013-07-24 09:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 070300化学319求调剂 +5 锦鲤0909 2026-03-17 5/250 2026-03-18 10:21 by macy2011
[考研] 环境工程调剂 +8 大可digkids 2026-03-16 8/400 2026-03-18 09:36 by zhukairuo
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +4 share_joy 2026-03-16 4/200 2026-03-17 21:32 by hmn_wj
[考研] 268求调剂 +8 一定有学上- 2026-03-14 9/450 2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:27 by Little-xue
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料与化工求调剂 +5 绪幸与子 2026-03-17 5/250 2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭