24小时热门版块排行榜    

查看: 2758  |  回复: 15

youyou8285

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

应该是富集后获得了相近菌的群落,不是单一菌株。这种现象很普遍,可能存在基因水平转移造成
11楼2013-07-30 16:39:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by youyou8285 at 2013-07-30 16:39:26
应该是富集后获得了相近菌的群落,不是单一菌株。这种现象很普遍,可能存在基因水平转移造成

有可能是这样,但是测了20多个序列都不同,应该不至于每个序列都是一株单独的菌吧?所以我觉得有可能是实验误差或者测序误差,但不确定是哪步,所以需要有经验的大牛指导指导。
12楼2013-07-30 17:39:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2013-07-30 12:55:42
16S方法中同源性>=97%,通过构建系统同源进化树位于同枝,数值 >73  ,采用NJ或ML两种以上方法进化树稳定就可以基本判定同种了,如果不放心可以再通过生理生化或其他方法辅助鉴定

因为我是想得到一个新种,根据文献报道好像是要序列完全一样才可以。只是判定为同种可能还不够。
13楼2013-08-02 12:58:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2013-08-02 12:58:04
因为我是想得到一个新种,根据文献报道好像是要序列完全一样才可以。只是判定为同种可能还不够。...

确定新种的话仅靠16S方法说服力就打折了,还需要很多辅助的手段,楼主还是了解下国外当前对同属新种鉴定要求吧,这个挺麻烦
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
14楼2013-08-03 14:19:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吹着泡泡的夏

金虫 (小有名气)

相似度100%的说明没有变异,但是细菌又容易变异,所以造成碱基序列的改变也是很正常的,但是还是能认为理论上式同一种菌株
走着走着就长大了
15楼2014-04-12 10:51:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lxb456900

银虫 (初入文坛)

想做16s,感觉qiime这个软件,再加些R包的可视化,非常好。在掏宝搜索“16s测序分析”,有个视频不错,从linux安装一直到查找OTU,热图,venn图,alpha分析,beta分析,构建系统树,系统树可视化。这里面完全可以解决你烦恼
16楼2015-08-28 11:27:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 圣迭戈 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +5 世界首富 2026-03-11 5/250 2026-03-17 10:16 by Sammy2
[考研] 268求调剂 +6 一定有学上- 2026-03-14 7/350 2026-03-17 10:14 by Sammy2
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 机械专硕325,寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 招收0805(材料)调剂 +3 18595523086 2026-03-13 3/150 2026-03-14 00:33 by 123%、
[考研] 0703,333分求调剂 一志愿郑州大学-物理化学 +3 李魔女斗篷 2026-03-11 3/150 2026-03-13 22:24 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 0856化学工程280分求调剂 +4 shenzxsn 2026-03-11 4/200 2026-03-13 11:55 by ymwdoctor
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考研] 296求调剂 +3 大口吃饭 身体健 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by 学员8dgXkO
信息提示
请填处理意见