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youyou8285

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

应该是富集后获得了相近菌的群落,不是单一菌株。这种现象很普遍,可能存在基因水平转移造成
11楼2013-07-30 16:39:26
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by youyou8285 at 2013-07-30 16:39:26
应该是富集后获得了相近菌的群落,不是单一菌株。这种现象很普遍,可能存在基因水平转移造成

有可能是这样,但是测了20多个序列都不同,应该不至于每个序列都是一株单独的菌吧?所以我觉得有可能是实验误差或者测序误差,但不确定是哪步,所以需要有经验的大牛指导指导。
12楼2013-07-30 17:39:09
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2013-07-30 12:55:42
16S方法中同源性>=97%,通过构建系统同源进化树位于同枝,数值 >73  ,采用NJ或ML两种以上方法进化树稳定就可以基本判定同种了,如果不放心可以再通过生理生化或其他方法辅助鉴定

因为我是想得到一个新种,根据文献报道好像是要序列完全一样才可以。只是判定为同种可能还不够。
13楼2013-08-02 12:58:04
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2013-08-02 12:58:04
因为我是想得到一个新种,根据文献报道好像是要序列完全一样才可以。只是判定为同种可能还不够。...

确定新种的话仅靠16S方法说服力就打折了,还需要很多辅助的手段,楼主还是了解下国外当前对同属新种鉴定要求吧,这个挺麻烦
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
14楼2013-08-03 14:19:18
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吹着泡泡的夏

金虫 (小有名气)

相似度100%的说明没有变异,但是细菌又容易变异,所以造成碱基序列的改变也是很正常的,但是还是能认为理论上式同一种菌株
走着走着就长大了
15楼2014-04-12 10:51:21
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lxb456900

银虫 (初入文坛)

想做16s,感觉qiime这个软件,再加些R包的可视化,非常好。在掏宝搜索“16s测序分析”,有个视频不错,从linux安装一直到查找OTU,热图,venn图,alpha分析,beta分析,构建系统树,系统树可视化。这里面完全可以解决你烦恼
16楼2015-08-28 11:27:39
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