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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » (TiO2)38的构建求助
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greatqi

木虫 (正式写手)

[求助] (TiO2)38的构建求助

根据文献中构建（TiO2）38 请见图JCC的结构，我就根据TiO2anatase的结构，通过改变cleave 中的top 来求结构与文献中的尽量一致。 然后再去掉对称性，得到（Ti40O78）请见MYphoto，和原来的结构相比较，多了4个原子。可以直接看到确实是多了几个原子，但是有两个O可以确定，另外2个Ti不太确定应该删除哪个地方。请各位多多指教，并指明原因。   还有就是 我这个是对着文献的图一种机械的拼凑的方法，哪位还能提供更好的个更加直接的方法。还有一个疑问就是如果在TiO2表面吸附原子分子，如何去确定分子的活性位点，谢谢了。(TiO2)38的构建求助
MY-photo.jpg
(TiO2)38的构建求助-1
JCC_22983_sm_SuppFig1.jpg
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1楼 2013-05-29 16:29:34
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greatqi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huaiji at 2013-05-29 21:36:55
本人认为，另外两个Ti应该在与删掉的O相连接，且靠近中心，与原子簇中心为中心对称位置的Ti.至于原因，得看到文献才知道，或与Ti,O成键及其原子数之比有关。楼主是否可以附上文献。
更直接的方法可以据晶体结构信息 ...

晶体结构的单个晶胞的坐标倒好弄，只是编写VB计算我还没有实践过。感觉有点困难。关于吸附，要是单个吸附的话很多要考虑吸附位的问题，不过对于分子，我还不太清楚怎么去放置分子的位置之类的。
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4楼2013-05-30 08:55:06
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huaiji

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
greatqi: 金币+5, ★有帮助, 谢谢应助，希望一起探讨探讨文献。 2013-05-30 08:56:52
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-06-03 21:51:56
本人认为，另外两个Ti应该在与删掉的O相连接，且靠近中心，与原子簇中心为中心对称位置的Ti.至于原因，得看到文献才知道，或与Ti,O成键及其原子数之比有关。楼主是否可以附上文献。
更直接的方法可以据晶体结构信息文件（.cif文件）得到单个晶胞的原子坐标，编写VB或其它小程序计算坐标而得。
如果在TiO2表面吸附原子，比较好办，直接计算吸附原子坐标即可；分子则比较麻烦，还得自己考虑分子极性……
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真正的人生,只有在经过艰难卓绝的斗争之后才能实现;心灵纯洁的人,生活充满甜蜜和喜悦.
2楼2013-05-29 21:36:55
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greatqi

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huaiji at 2013-05-29 21:36:55
本人认为，另外两个Ti应该在与删掉的O相连接，且靠近中心，与原子簇中心为中心对称位置的Ti.至于原因，得看到文献才知道，或与Ti,O成键及其原子数之比有关。楼主是否可以附上文献。
更直接的方法可以据晶体结构信息 ...

请见一下文献：
J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10348-10351
P. Persson,*,†,‡ R. Bergstro1m,† and S. Lunell†
谢谢了。
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3楼2013-05-30 08:49:38
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huaiji

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-06-03 21:52:12
原因在文中Method的后两段中有提到的。
至于文献中与分子的吸附，或是考虑电负性及电荷分布等，苯甲酸两个羧基氧原子被绑定到两个相同的表面Ti原子上。
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真正的人生,只有在经过艰难卓绝的斗争之后才能实现;心灵纯洁的人,生活充满甜蜜和喜悦.
5楼2013-05-30 18:11:58
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