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greatqi

木虫 (正式写手)

[求助] (TiO2)38的构建求助

根据文献中构建(TiO2)38 请见图JCC的结构,我就根据TiO2anatase的结构,通过改变cleave 中的top 来求结构与文献中的尽量一致。 然后再去掉对称性,得到(Ti40O78)请见MYphoto,和原来的结构相比较,多了4个原子。可以直接看到确实是多了几个原子,但是有两个O可以确定,另外2个Ti不太确定应该删除哪个地方。请各位多多指教,并指明原因。   还有就是 我这个是对着文献的图一种机械的拼凑的方法,哪位还能提供更好的个更加直接的方法。还有一个疑问就是如果在TiO2表面吸附原子分子,如何去确定分子的活性位点,谢谢了。(TiO2)38的构建求助
MY-photo.jpg
(TiO2)38的构建求助-1
JCC_22983_sm_SuppFig1.jpg
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huaiji

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
greatqi: 金币+5, 有帮助, 谢谢应助,希望一起探讨探讨文献。 2013-05-30 08:56:52
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-06-03 21:51:56
本人认为,另外两个Ti应该在与删掉的O相连接,且靠近中心,与原子簇中心为中心对称位置的Ti.至于原因,得看到文献才知道,或与Ti,O成键及其原子数之比有关。楼主是否可以附上文献。
更直接的方法可以据晶体结构信息文件(.cif文件)得到单个晶胞的原子坐标,编写VB或其它小程序计算坐标而得。
如果在TiO2表面吸附原子,比较好办,直接计算吸附原子坐标即可;分子则比较麻烦,还得自己考虑分子极性……
真正的人生,只有在经过艰难卓绝的斗争之后才能实现;心灵纯洁的人,生活充满甜蜜和喜悦.
2楼2013-05-29 21:36:55
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greatqi

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huaiji at 2013-05-29 21:36:55
本人认为,另外两个Ti应该在与删掉的O相连接,且靠近中心,与原子簇中心为中心对称位置的Ti.至于原因,得看到文献才知道,或与Ti,O成键及其原子数之比有关。楼主是否可以附上文献。
更直接的方法可以据晶体结构信息 ...

请见一下文献:
J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10348-10351
P. Persson,*,†,‡ R. Bergstro1m,† and S. Lunell†
谢谢了。

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3楼2013-05-30 08:49:38
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greatqi

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huaiji at 2013-05-29 21:36:55
本人认为,另外两个Ti应该在与删掉的O相连接,且靠近中心,与原子簇中心为中心对称位置的Ti.至于原因,得看到文献才知道,或与Ti,O成键及其原子数之比有关。楼主是否可以附上文献。
更直接的方法可以据晶体结构信息 ...

晶体结构的单个晶胞的坐标倒好弄,只是编写VB计算我还没有实践过。感觉有点困难。关于吸附,要是单个吸附的话很多要考虑吸附位的问题,不过对于分子,我还不太清楚怎么去放置分子的位置之类的。
4楼2013-05-30 08:55:06
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huaiji

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-06-03 21:52:12
原因在文中Method的后两段中有提到的。
至于文献中与分子的吸附,或是考虑电负性及电荷分布等,苯甲酸两个羧基氧原子被绑定到两个相同的表面Ti原子上。
真正的人生,只有在经过艰难卓绝的斗争之后才能实现;心灵纯洁的人,生活充满甜蜜和喜悦.
5楼2013-05-30 18:11:58
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huaiji

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-06-03 21:52:18
不过文中貌似是模拟的某个晶面的。这个问题需进一步确认一下。
真正的人生,只有在经过艰难卓绝的斗争之后才能实现;心灵纯洁的人,生活充满甜蜜和喜悦.
6楼2013-05-30 18:15:56
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greatqi

木虫 (正式写手)

我按照图片切割出来了,但是我有些质疑它的稳定性。
7楼2013-06-11 11:09:58
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

切割出来的晶体一般都需要优化。看你的需求,是否可以固定一些原子, 这样就容易优化。 还有就是看你要什么样的计算结果了。
8楼2013-06-11 13:54:58
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